Menu Close

Category: SARS-CoV-2 transmission

  • Home
  • SARS-CoV-2 transmission
    •

LÀgre smittsamma virusnivÄer hos vaccinerade individer som smittades med Delta-varianten

I första delen gÄr jag igenom en ny preprintstudie kring hur vaccinerade jÀmfört med ovaccinerade tycks ha lÀgre och mindre varaktiga smittsamma virusnivÄer, i de fall de fick en infektion med Delta-varianten. Denna (Ànnu preliminÀra) analys var gjord med en metod som tillÄter faktisk kvantifiering av smittsamma virusnivÄer.

Resultaten stÀmmer överens med ett flertal andra studier som ocksÄ finner att virusnivÄerna gÄr ner fortare hos vaccinerade jÀmfört med ovaccinerade som smittas. Det finns Àven preliminÀra resultat för att vaccinerade (sÀrskilt med 3 doser) som smittas, i lÀgre grad riskerar smitta andra under Omicron-perioden, Àven om denna effekt enligt vaccineffekt-data, avtar pÄtagligt över tid.

I en andra del gÄr jag igenom olika egenskaper för Omicron-varianten, och sÀtter det i relation till hur vissa karantÀn- och isoleringsregler har Àndrats (t.ex. vilka dagar efter symptomdebut man kan odla smittsamt virus). DÀrtill diskuteras nÄgra tidigare studier om rollen för presymptomatisk smitta.

1. Vaccinerade individer smittade med Delta-varianten hade mer sÀllan smittsamt virus och hade lÀgre smittsamma virusnivÄer

I en ny preprintstudie av Puhach et al. studerades prover frĂ„n 118 individer som smittats före varianterna uppstod (“pre-VOC”), 127 smittade med Delta-varianten, samt 121 vaccinerade individer som fĂ„tt genombrottsinfektion med Delta. DĂ€rtill ingick 18 genombrottsfall med Omicron-varianten. Alla individer hade drabbats av milda symptom. Det som Ă€r unikt i denna studie Ă€r att de anvĂ€nde en av de standardmetoder som finns för att faktiskt kunna kvantifiera smittsamma virusnivĂ„er frĂ„n tagna patientprover (hĂ€r anvĂ€nde de sĂ„ kallad “focus forming assay“; den andra metoden för att berĂ€kna smittsam virustiter Ă€r viral plaque assays).

Puhach et al. fann att Àven om högre virusnivÄer uppmÀttes för infektioner med SARS-CoV-2 före varianterna (sÄsom Delta) uppstod (4.5x), sÄ medförde Delta-varianten högre nivÄer av odlingsbart (infektiöst) virus, med faktor 3.23. Samtidigt var virusnivÄerna (hÀr mÀttes ej odlingsbart virus) desamma för Delta och Omicron.

Studien visade att Àven virusmÀngder mÀtta med PCR bara svagt korrelerade med om patientprover var smittsamma eller inte (korrelationsvÀrde ~0.1 till ~0.4). I studien hade de lyckats kvantifiera virusmÀngderna i 84-92% av isolaten.

  • Liksom flera tidigare studier (lĂ€nkade nedan) gick Ă€ven virusnivĂ„erna ner mycket snabbare hos vaccinerade kontra ovaccinerade individer (se lĂ€nkar nedan).
  • Det viktigaste fyndet (se skĂ€rmdumpen nedan) var dock att vaccinerade kontra ovaccinerade individer, som hade smittats med Delta-varianten, hade betydligt lĂ€gre frekvens av smittsamma prover, och Ă€ven lĂ€gre nivĂ„er av smittsamt virus – med faktor 4.8 (utifrĂ„n PCR-nivĂ„, faktor 2.5). Dvs. med den betydligt viktigare nivĂ„n, infektiösa virusnivĂ„er, sĂ„ var nivĂ„n betydligt lĂ€gre hos vaccinerade kontra ovaccinerade individer. NĂ€r de sen gjorde om analysen utifrĂ„n Ă„lder, kön och dagar sen symptomdebut, sĂ„ var de infektiösa virusnivĂ„erna 9.3 gĂ„nger lĂ€gre hos vaccinerade kontra ovaccinerade individer.

En viktig aspekt hÀr var att de alltsÄ Àven redovisade och kunde justera dessa data fördelat pÄ dagar sen symptomdebut:

  • HĂ€r sĂ„g de att virusnivĂ„erna – inklusive kvantifieringen av de smittsamma – var lĂ€gre för vaccinerade sĂ€rskilt kring dag 4-5 efter symptomdebut (se panel B-C nedan). Detta skulle stĂ€mma övrens med att vaccinerade individer snabbare kan hĂ€mma aktiv virusutsöndring, och förblir smittsamma under fĂ€rre dagar.
  • Viktigt att notera Ă€r dock att vid 5 dagar efter symptomdebut, sĂ„ var fortfarande ~54% av de vaccinerades prover smittsamma. Men det kan dĂ„ jĂ€mföras med runt 84% av de ovaccinerades prover. Detta Ă€r dock viktigt utifrĂ„n isoleringstider (mer om det i senare del av inlĂ€gget), som nyligen Ă€ndrats i flera lĂ€nder, inklusive i Sverige, i och med Omicrons omfattande smittspridning. Det Ă€r Ă€ven relevant utifrĂ„n annan data om tidpunkten för nĂ€r Omicronsmitta kanske nĂ„r maximala virusnivĂ„er (dock finns dĂ€r enbart data utifrĂ„n PCR-analyser), enligt min beskrivning lĂ€ngre ner.

För denna senare analys Àr det vÀrt att nÀmna att individerna var matchade för Älder och könsfödelning, samt att nÀstan alla hade vaccinerats med Pfizers och Modernas mRNA-vaccin. Snittiden till genombrottsinfektionen var hÀr nÀra 3 mÄnader (80 dagar). UtifrÄn annan data (se t.ex. hÀr) sÄ kan man tÀnka sig att genombrottsinfektioner/reinfektioner som intrÀffar lÀngre tid frÄn senaste given dos (eller infektion) ökar chansen att kunna isolera smittsamt virus frÄn en vaccinerad individ. De gjorde dock en korrelationsanalys för detta och sÄg ingen sÄdan korrelation. En annan styrka i analysen Àr att de bara inkluderade prover med CT-vÀrden <27, nÄgot som dÀrmed bör ha minskat risken för falskt negativa prover, och begrÀnsat analysen till de som enligt andra mÄtt Àr mer sannolika att ev. kunna vara smittsamma.

En aspekt vad gÀller jÀmförelsen av virusnivÄer mellan varianterna, Àr att de för tidigare prover givetvis har behövt frysa dem. Detta kan ha pÄverkat hur viabla virusen senare var, men rÀtt hanterat klarar virus att frysas och tinas flera gÄnger.

Detta Àr för övrigt frÄn nÄgra av samma forskare som redan i april 2020 kunde visa att man kan odla virus frÄn barns luftvÀgsprover, i samma utstrÀckning som frÄn vuxna (se gÀrna min tidigare sammanstÀllning hÀr).

Sammantaget överensstĂ€mmer resultaten med att Delta-varianten var mer smittsam, samt att vaccinet Ă„tminstone i viss grad skyddar mot överföring av smitta (som man Ă€ven funnit Ă€r fallet under bĂ„de Delta och Omicron, Ă„tminstone i mĂ„naderna efter vaccinering – se Allen et al., Shamier et al., Lyngse et al. samt de Gier et al.). Även en dansk preprintstudie indikerar att vaccinerade (sĂ€rskilt 3-dosvaccinerade) individer Ă€ven under Omicron har lĂ€gre risk för vidareföring av smitta i hushĂ„llet, jĂ€mfört med ovaccinerade. Observera att denna riskreducering inte observerades rakt igenom, förutom för de vaccinerade med 3-doser. DĂ€rtill tycks effekten utifrĂ„n vaccineffektdata, avta över tid rĂ€knat frĂ„n senaste vaccinationstillfĂ€llet (se Ă€ven denna sammanstĂ€llning).

Den nya preprintstudien av Puhach et al. belyser ocksÄ att i de fall man inte funnit att vaccinet ger visst skydd mot överföring i hushÄll, sÄ kan det ocksÄ delvis bero pÄ att beteendet kan ha pÄverkats hos vaccinerade (dÄ Ät ett mer oförsiktigt hÄll), medan dessa lab-studier Àr oberoende av sÄdana skillnader i beteende (belyser ocksÄ dÀrmed vikten av att informera korrekt om att vaccinen kan minska riskerna, med olika mycket beroende pÄ utfall/parameter).

Nedan skÀrmdump frÄn Puhach et al., (medRxiv 2021 DOI 10.1101/2022.01.10.22269010). Visar i översta panelen att bÄde avseende virusmÀngd mÀtt med PCR, samt utifrÄn smittsamma virusmÀngder, sÄ har vaccinerade (blÄa) individer lÀgre nivÄer Àn ovaccinerade (röda) individer.

Screenshot Puhach et al. medRxiv 2021 DOI 10.1101-2022.01.10.22269010

2. VirusnivÄerna i relation till symptomdebut för Omicron, samt om tiden för karantÀn och isolering för att minimera smittsamhet

Vad gÀller Omicron har man för övrigt funnit att virusnivÄerna kan nÄ sin högsta fas senare, jÀmfört med tidigare varianter, i relation till symptomdebut. Eventuellt kan resultatet dock pÄverkas av att man i den nya preprintstudien framförallt undersökte vaccinerade individer: Vaccinerade individer kan spekuleras snabbare fÄr ett cytokinpÄslag, som ger snabbare symptomdebut (ev. kortare inkubationstid) vid exponering för SARS-CoV-2.

Som jag har beskrivit tidigare, ser man emellertid att vaccinerade vid eventuell smitta har symptom en kortare tid jÀmfört med ovaccinerade (jag har beskrivit detta för tidigare varianter i detta tidigare inlÀgg).

Den japanska preprintstudien frÄn National Institute of Infectious Diseases, analyserade data utifrÄn 83 prover, frÄn 21 fall (19 vaccinerade och 2 ovaccinerade; 17 milda & 4 asymptomatiska fall). I relation till symptomdebut, fann de att virusnivÄerna var som högst efter 3-6 dagar (se skÀrmdumpen lÀngre ner), för att sedan gÄ ner pÄtagligt fram till dag 10. Inga smittsamma (viabla) isolat kunde detekteras mer Àn 10 dagar frÄn symptomdebut (denna senare punkt stÀmmer dÀrmed i stort sett med mÄnga tidigare studier). Dock Àr urvalet mindre hÀr, sÄ resultaten kan vara skeva i förhÄllande till hur det ser ut för den bredare befolkningen.

I ovanstĂ„ende preprintstudie var emellertid 11-19% av de prover som togs mellan dag 6 och 9 efter symptomdebut, fortfarande smittsamma virusprover (~19% hos de symptomatiska individerna). Modellering har nyligen gjorts – men utifrĂ„n data före Omicron – som berĂ€knade att efter 5 dagar (dvs. motsvarar CDC:s nya isolerings-rekommendation), sĂ„ Ă€r fortfarande 1 av 3 (31%) smittsamma. I stĂ€llet Ă€r fortfarande 16% smittsamma efter 7 dagar rĂ€knat frĂ„n symptomdebut.

Om man i stÀllet lade till ett krav pÄ tvÄ negativa antigentest vid dag 7, sÄ kunde man dÄ fÄ ner andelen smittsamma till 5% (antigentest Àr en bra prediktor pÄ hur lÀnge man kan isolera viabelt virus).

I viss kontrast mot ovanstĂ„ende data – som stöd för att man oftast inte Ă€r smittsam mer Ă€n 10 dagar – kan man i stĂ€llet ta en preprintstudie av Hay et al., dĂ€r prover tagit pĂ„ amerikanska NBA-spelare. Den har visserligen bara anvĂ€nt qPCR för att mĂ€ta virusnivĂ„erna, men man sĂ„g dĂ„ att bland regelbundet testade individer (sĂ„ att man t.ex. kunde detektera nĂ€r de blev positiva), rĂ€knat 5 dagar efter ett positivt svar, sĂ„ lĂ„g ~50% fortfarande pĂ„ virusnivĂ„er som skulle kunna vara smittsamma (CT vĂ€rde < 30). Dock Ă€r det en relativ hög virusnivĂ„ som inte behöver innebĂ€ra att man Ă€r mycket smittsam.

I en annan grupp (70 individer) som testades mindre regelbundet sĂ„ hade ~40% fortfarande höga virusnivĂ„er vid dag 5. DĂ€remot hade inga en sĂ„ hög virusnivĂ„ efter 11 dagar, och deras data tydde pĂ„ att virusnivĂ„erna Ă€r förhöjda en kortare tid vid Omicron (~9.9 dagar) kontra Delta (~10.9 dagar), samt att virusnivĂ„erna – utifrĂ„n CT-vĂ€rden – var nĂ„got lĂ€gre. Men det senare Ă€r dĂ€rmed en sĂ€mre analys Ă€n föregĂ„ende analys av Puhach et al., dĂ€r man kvantifierade virusmĂ€ngden i focus forming assays. DĂ€rtill hade den senare analysen inte justerat för deltagarnas serostatus (ev. tidigare infektioner) samt vaccinationer – sĂ„dan data ska tillkomma senare anger de.

Även om man alltsĂ„ i sociala medier ser mĂ„nga testa positiv pĂ„ antigentester i mĂ„nga dagar, med Omicron, sĂ„ gĂ„r dock meningarna lite isĂ€r kring hur man ska tolka eller agera utifrĂ„n testpositivitet (med antigentest) som dröjer sig kvar mer Ă€n 10 dagar. Vissa har förordat dagliga antigentest (om det vore tillgĂ€ngligt).

Tidigare studier har indikerat att det frÄn milda SARS-CoV-2-infektioner, i de flesta fall, har varit svÄrt att isolera smittsamt virus efter mer Àn 8-10 dagar frÄn symptomdebut, samt mer Àn nÄgra dagar före symptomdebut (se t.ex. Arons et al. i NEJM, frÄn maj 2020, samt Wölfel et al., i Nature, frÄn april 2020). DÀrför hade CDC och mÄnga andra lÀnder 10 dagars isolering frÄn symptomdebut eller positivt test (initialt hade mÄnga lÀnder sÄsom USA, med 14 dagars karantÀn). Sverige har tidigare kört med en 7 dagars lÄng isolering, med symptominriktad förbÀttring pÄ slutet.

Vissa experter anser dock nu – nĂ€r man har (bĂ€ttre) tillgĂ„ng till antigentest – att man ska stanna hemma tills man Ă€r helt negativ pĂ„ antigentest. Positivt svar pĂ„ dessa tester motsvarar relativt vĂ€l sannolikheten att kunna odla smittsamt virus. PĂ„ grund av Omicrons utbredda smitta har man behövt vĂ€rdera om man kan korta karantĂ€n-/isoleringstiden ytterligare, sĂ„som CDC och nyligen FolkhĂ€slomyndigheten gjorde, I Sverige kortades nyligen denna tid till 5 dagar, inklusive en sen tidigare 48 timmars feberfri period pĂ„ slutet.

CDC kortade ner perioden till 5 dagars isolering/karantĂ€n – för vissa subgrupper – i slutet av december. Detta gjordes framförallt för att kunna minimera samhĂ€llspĂ„verkan utifrĂ„n utbredd möjlig samtidig frĂ„nvaro av vissa essentiella yrkeskategorier. DĂ€remot omfattades de som t.ex. nyligen fĂ„tt en 2:a mRNA-vaccindos, eller en boosterdos inte av karantĂ€n efter en exponering för nĂ„gon smittad (men de skulle Ă€ndĂ„ bara munskydd i 10 dagar).

Den mer sÀkra riktlinje som diskuterats vad avser testning, har varit tvÄ negativa tester inom 24 timmar. CDC har som alternativ ett negativt antigentest efter 5 dagars karantÀn samt vid isolering. De anger ocksÄ att man kan förbÀttra sÀkerheten genom att ta tvÄ antigentest (med 24-48 timmars mellanrum). För övrigt anger t.ex. hÀr CDC att man vid negativt test efter 5 dagars karantÀn eller isolering, fortfarande ska bÀra en vÀlfungerande mask/andningsskydd, tills 10 dagar har gÄtt frÄn insjuknandet (masker, och numera Àn mer andningsskydd av typen N95, anvÀnds fortfarande brett i mÄnga delar av USA, framförallt inomhus men Àven utomhus i kalla delar/tider).

  • PĂ„ denna punkt tycks dĂ€rtill allt fler sjukhus landa i att man t.ex. vid vĂ„rd av COVID-19-patienter ska krĂ€va minst FFP2 (eller FFP3)-andningsskydd. T.ex. har man nyligen Ă€ndrat till FFP3-krav i Storbritannien vid t.ex. vĂ„rd av misstĂ€nka COVID-19-patienter, dĂ„ man ocksĂ„ anger att SARS-CoV-2 smittas till hög grad via den luftburna vĂ€gen.

DÀremot Àr det Ànnu okÀnt hur virusnivÄerna för Omicronvarianten ser ut i relation till tiden före symptomdebut. Som jag har beskrivit tidigare har man sen tidigt under 2020 funnit att virusnivÄerna Àr högst precis före (eller precis vid) symptomdebut. Se t.ex. denna studie av He et al. i Nature Medicine (april 2020; sammanfattad tillsammans med annan liknande studiedata hÀr samt hÀr).

T.ex. har flera studier funnit högst virusnivĂ„er strax före symptomdebut. I sammanhanget har dĂ€rtill den tidigare dominanta Delta-varianten berĂ€knats ge Ă€n mer presymptomatisk smitta (högst virusmĂ€ngd ~2 dagar före symptomdebut; ~74% presymptomatisk smitta – denna andel varierar givetvis beroende pĂ„ en rad betingelser).

Att Delta liksom tidigare varianter medförde hög andel presymptomatisk smitta, stöds Àven av följande studie av Zhang et al. (2021), som berÀknat att ~65% av smittan sker presymptomatiskt.

Nedan data frÄn japanska National Institute of Infectious Diseases, som visar att i relation till symptomdebut, var virusnivÄerna som högst efter 3-6 dagar, vid en Omicroninfektion och mÀtt med PCR:

From "Active epidemiological investigation on SARS-CoV-2 infection caused by Omicron variant (Pango lineage B.1.1.529) in Japan: preliminary report on infectious period

Med vÀnliga hÀlsningar,

Jonathan Cedernaes

Leg. lÀkare, Ph.D., Docent i medicinsk cellbiologi

Read more →

Översikt av skyddet mot symptomatisk & asymptomatisk COVID-19 efter en kontra tvĂ„ doser vaccin

FHM har lÀmnat besked att Àldre kan trÀffa andra mÀnniskor (sÄsom barn och barnbarn) inomhus tre veckor efter första dosen av vaccinet. Denna riktlinje skiljer sig helt klart frÄn CDCs uttalanden, som bara klassar personer som fullt vaccinerade rÀknat 2 veckor efter dos nummer tvÄ. Riktlinjen tar inte heller i beaktande att skyddet kan vara sÀmre eller saknas mot varianter som B.1.351, efter en första dos (mer om det nedan).
 
SÀrskilt Pfizers och Modernas vaccin uppnÄr enligt deras fas 3-studier god skyddseffekt mot symptomatisk COVID-19 tvÄ veckor efter första dosen (se t.ex. trÄden hÀr och trÄden hÀr). AstraZeneca publicerade senare ocksÄ data som tyder pÄ att deras vaccin ger god skyddseffekt (~76%) mot COVID-19, 22-90 dagar efter en dos (beskrivet under punkt 2 i första blogg-inlÀgget nedan, avseende denna Lancet-studie).
 
Dock omfattar dessa studier inte skyddet mot asymptomatisk sjukdom, utan “bara” det sĂ„ att sĂ€ga kliniskt och för individen viktigaste skyddet – det mot symptomgivande COVID-19. Dvs. man mĂ„ste Ă€ndĂ„ betĂ€nka att skydd mot symptomatisk sjukdom inte behöver innebĂ€ra skydd mot infektion av viruset, s.k. asymptomatisk smitta. Med sĂ„dan smitta kan man smitta andra utan att veta om det, Ă€ven om risken Ă€r mindre (se nedan). Den asymptomatiska smittan och fallen Ă€r relativt omfattande, se t.ex. detta tidigare inlĂ€gg.
 
Data frÄn Skottland visade senare att bÄde Pfizer och AstraZenecas vaccin redan efter en dos uppvisar god skyddseffekt (över 80%) mot sjukhuskrÀvande COVID-19 (se punkt 1.3 hÀr). Men Àven mildare COVID-19 kan vara mycket besvÀrlig och innebÀr Àven som ovan nÀmnt ÀndÄ en fortsatt risk för vidareförd smitta, via asymptomatisk infektion med viruset som orsakar COVID-19, SARS-CoV-2.
 
Samtidigt visar senare studier ute i samhĂ€llet, dĂ€r varianten B.1.1.7 (den “brittiska”) sedermera har blivit vanligare – med högre smittorisk och risk för svĂ„r sjukdom – att det viktiga skyddet mot t.ex. asymptomatisk sjukdom tycks betydligt bĂ€ttre efter andra dosen:
  • Upp mot 90% tvĂ„ veckor efter dos nummer 2
  • Att jĂ€mföra med runt 50% skydd mot asymptomatisk smitta upp till drygt fyra veckor efter första dosen (se punkt 1.2 hĂ€r), med Ă€nnu lĂ€gre skydd (~29%) berĂ€knat runt perioden 2-3 veckor efter dos 1.
Det Àr ju Àven av sÄdana skÀl som extra ÄtgÀrder som munskydd osv. rekommenderas i USA, förrÀn man enligt CDCs definition Àr fullt vaccinerad. Innan dess ska man alltsÄ enligt CDC exempelvis alltid ha munskydd inomhus, och ha extra karantÀnregler. CDC har för övrigt Àven pratat om hur dubbla munskydd kan hjÀlpa mer.
 
En ny studie i Science betonar Àven att nivÄerna av neutraliserande antikroppar mot den i Sverige nu vÀlspridda varianten B.1.351, inte tycks vara sÀrskilt höga efter enbart första dosen (ev. otillrÀckliga), hÀr bedömt för Pfizers och Modernas mRNA-baserade vaccin. Man sÄg en markant stegring av nivÄerna av neutraliserande antikroppar efter den andra dosen (eller, om man har haft COVID-19 redan, efter första dosen, se bl.a. inlÀgget hÀr och om den nya studien i Science Immunology hÀr).
  • I detta sammanhang Ă€r det Ă€ven viktigt att betona att man i Israel har sett genombrottsfall av COVID-19 hos vaccinerade – s.k. “breakthrough cases” – just i högre grad orsakade av varianter av SARS-CoV-2, dvs. bĂ„de B.1.1.7 (den “brittiska” varianten) samt B.1.351 (den “sydafrikanska” varianten). Preprintstudie hĂ€r av Kustin et al. 
  • I preprintstudien fann de sĂ„dana genombrottsfall redan bland de som bara fĂ„tt en första dos, dĂ„ orsakade i hög grad av B.1.1.7. Efter tvĂ„ doser med “fullt vaccinskydd” – dvs. dĂ„ skyddet Ă€r bĂ€ttre – sĂ„gs det Ă€ndĂ„ i högre grad sĂ„dana genombrottsfall orsakade av varianten B.1.351 (överrepresenterade med en faktor 8). 
  • DĂ€remot var varianten B.1.1.7 inte överrepresenterad efter tvĂ„ doser vaccin (dvs. det tyder pĂ„ att skyddet mot B.1.1.7 Ă€r ganska opĂ„verkat jĂ€mfört med föregĂ„ende varianter av SARS-CoV-2, efter full vaccinering).
  • Dessa resultat frĂ„n fĂ€ltet (ute i samhĂ€llet) stödjer alltsĂ„ extensiva in vitro-baserade studier, dĂ€r man ser att just varianten B.1.351 orsakar en pĂ„tagligt minskad effekt av hur vĂ€l antikroppar neutraliserar denna variant av SARS-CoV-2 (genomgĂ„ng av sĂ„dana studier i mitt tidigare inlĂ€gg hĂ€r). Resultaten Ă€r ocksĂ„ i linje med de som sĂ„gs i den nya studien i Science Immunology, som nĂ€mns ovan, som Ă„terigen betonar hur sannolikt viktig dos nummer 2 Ă€r för fullgott skydd.
 
DÀrtill kan den andra dosen vara sÀrskilt betydelsefull för Àldre individer:
 
Ökat skydd efter 2a dosen Ward et al. medRxiv preprint, 2021
OvanstÄende fynd har anförts som argument för varför man inte ska senarelÀgga dos nummer 2 (dvs. inte öka intervallet mellan dos 1 och 2). Dosintervallet var i Pfizers fas 3-studie tre veckor. Det Àr dock relativt kort dosintervall i vaccinsammanhang, men delvis implementerat sÄ med tanke pÄ brÄdskan med att genomföra dessa studier.
 
Mer om skyddet av en respektive tvÄ doser vaccin, i nedanstÄende inlÀgg, liksom i andra inlÀgg pÄ min blogg. Det första inlÀgget redovisar Àven hur AstraZenecas vaccin ej tycks skydda mot mild-mÄttlig COVID-19 av varianten B.1.351 (obs, detta Àr rÀknat efter tvÄ doser, fast ej med optimalt intervall, mer om det i inlÀgget ocksÄ):
De uppdaterade rÄden frÄn FolkhÀlsomyndighetens hemsida visas nedan:
FHMs nya riktlinjer
Read more →

Testning inriktad pÄ symptomatiska fall kan missa en stor del av fallen av COVID-19, enligt studie i Lancet Infectious Diseases

Testning inriktad pÄ symptomatiska fall kan missa en stor del av fallen av COVID-19, enligt ny studie i Lancet Infectious Diseases. DÀrtill en studie i Nature kring hur risken för att smittas ser ut i olika vardagssituationer.
 
 

1. Studie i Nature om risken att smittas beroende pÄ typen av plats man besöker, och effekten av reducerat antal samtidiga besökare

I en studie i Nature, undersökte Chang et al. hur olika situationer ökar risken för smitta. De undersökte Ă€ven risker för smitta i sĂ„dana situationer bland olika socioekonomiska grupper. Studien, ”Mobility network models of COVID-19 explain inequities and inform reopening”, genomfördes av amerikanska forskare utifrĂ„n mobildata. Studien utfördes utifrĂ„n bakgrunden att det förekommer superspridning av SARS-CoV-2, samt att socioekonomiskt utsatta grupper tycks drabbas i högre utstrĂ€ckning av COVID-19 (se t.ex. hĂ€r i Lancet, samt svensk studie hĂ€r, SCB-data hĂ€r).
 
Forskarna analyserade mobildata frĂ„n 10 av de största stadsomrĂ„dena i USA, för att dĂ€rmed kunna undersöka rörelsemönstret timme för timme hos 98 miljoner individer. De tittade specifikt hur individerna besökte ”points of interest” (POIs), sĂ„som hur lĂ€nge och hur mĂ„nga som samtidigt uppehĂ„ll sig pĂ„ restauranger och matbutiker, och jĂ€mförde detta sen med en modell med data för smittspridningen i olika omrĂ„den. Datan de anvĂ€nder heter SafeGraph, och anvĂ€nds Ă€ven av andra forskare (t.ex. hĂ€r https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2020.10.31.20223776v1), och som bl.a. innehĂ„ller information om varje POIs ytstorlek (square ft), samt typ av POI (sĂ„som gym, restaurang). SjĂ€lva artikeltexten fokuserar mest pĂ„ exempel frĂ„n Chicago (dĂ€r nĂ„gra av forskarna kommer frĂ„n), samt Philadelphia.
 
De finner att deras data stĂ€mmer vĂ€l med Google mobility data (som Ă€ven anvĂ€nds för att analysera rörelsemönstret i Europa/Sverige: https://sverigesradio.se/artikel/7444982). Man sĂ„g t.ex. att rörligheten minskade med 55% i centrala Chicago frĂ„n mars till april. De berĂ€knade att en veckas fördröjning i detta hade resulterat i 3.3 kontra 1.5 gĂ„ngers ökning över tid av infektioner – utan restriktioner hade en 6.2-faldig ökning skett.
 
DÀrefter studerades vid vilka typer av POIs som smittan framförallt skedde. I likhet med fynd kring superspridande individer (se t.ex. beskrivning i Science hÀr och mitt tidigare inlÀgg hÀr), fann de att:
  • Vissa POIs stod för en större andel av smittspridningen: 10% stod för 85% i Chicago. Gym och restauranger tillhörde den mer riskfyllda POIs (se figuren lĂ€ngst ner), men dess effekt minskade över tid. Detta berodde sannolikt pĂ„ att de behövde stĂ€nga, medan matbutiker som höll öppet dĂ€rmed fick en större betydelse för smittotillfĂ€llena som intrĂ€ffade över tid.
  • De modellerade Ă€ven att genom att begrĂ€nsa antalet besökare till 20% av tidigare maxantalet, sĂ„ kunde de minska antalet nya smittillfĂ€llen nĂ€r sĂ„dana POIs öppnade, med 80%, samtidigt som ”enbart” 42% av antalet totala besök gick förlorade.
  • Även nĂ€r de totala antalet besökare hölls pĂ„ samma nivĂ„ som före pandemin, sĂ„ gav en reduktion i antalet samtidiga besökare en pĂ„taglig minskning av spridningen. Detta dĂ„ tidpunkterna pĂ„ dagen med de riskfyllda största samtidiga folksamlingarna pĂ„ en POI dĂ„ elimineras.
  • De simulerade sen effekten av Ă„teröppningar och fann att om man fullt ut öppnar restauranger (dĂ€r man sitter ner), gym, hotell, kafĂ©er och religiösa samlingsplatser gav störst ökning av smittspridningen. Den stora ökningen berodde pĂ„ densitet samt lĂ„ng genomsnittlig besökstid pĂ„ dessa typer av plats/POIs.
 
DÀrefter studerade de skillnader mellan grupper av olika etnicitet och socioekonomisk nivÄ. De med lÀgst inkomst berÀknades ha högst risk för infektion, i samstÀmmighet med annan rapporterad data. En förklaring tros vara att de i lÀgre socioekonomiska skikten inte reducerade sin rörlighet lika mycket nÀr restriktioner infördes pÄ samhÀllsnivÄ i mars 2020. T.ex. besökte fattigare individer oftare matbutiker. Samtidigt besöker de i rikare samhÀllsskikt oftare t.ex. kaféer, men Àven dÀr var risken högre för de socioekonomiskt mer utsatta grupperna, dÄ deras kaféer och dylika POIs ofta var mindre och mer tÀtt besökta (för matbutik som ex.: 59% fler besökare i timmen, 17% lÀngre tid per besök). Deras ytterligare modeller tyder inte ovÀntat dÀrpÄ att lÀttade restriktioner i samhÀllet ökar smittoöverföringen mer pÄtagligt bland de socioekonomiskt utsatta grupperna.
 
I diskussionsdelen förordar de just sÀnkt tillÄten kapacitet pÄ POIs, och Àven att man vidtar ÄtgÀrder som kan mildra smittoökningen bland socioekonomiskt utsatta grupper, sÄsom riktade stöd.
  • Chicago hade en ganska strikt “stay at home order” fram till början av juni, dĂ„ de började öppna upp, men Ă€ndĂ„ skulle hĂ„lla antalet besökare nere (se t.ex. hĂ€r begrĂ€nsning om 25 personer, som senare under hösten 2020 sĂ€nktes till 10).
  • Chicago höll t.ex. gym öppna under sommaren/hösten 2020, men pĂ„ alla gemensamma lokaler inomhus krĂ€vdes munskydd sen vĂ„ren 2020.
 

2. Symptomatisk baserad PCR-testning missar mÄnga fall, samt hög smittorisk vid lÀngre samtal pÄ kort fysiskt avstÄnd

En studie av Ng et al. i Lancet Infectious Diseases, ”SARS-CoV-2 seroprevalence and transmission risk factors among high-risk close contacts: a retrospective cohort study”, publicerades i november 2020 och studerade retrospektivt hur strategier för PCR-testning upptĂ€ckte fall i Singapore, samt hur olika miljöer pĂ„verkade smittrisken.
 
  • De kartlade 7770 nĂ€ra kontakter (1863 i hushĂ„llet, 2319 pĂ„ arbetet, 3588 ”sociala” kontakter) till 1114 PCR-bekrĂ€ftade indexfall. Studieperioden omfattade 23:e jan till 3:e april.
  • De identifierade hushĂ„llsmedlemmar samt andra kontakter (30 minuter kontakt inom 2 m avstĂ„nd) till indexfall. Alla nĂ€ra kontakter sattes i 14 dagars karantĂ€n (utifrĂ„n 2-14 dagars inkubationstid, se t.ex. analys av detta hĂ€r i Annals of Internal Medicine – senare data har ev. tytt pĂ„ nĂ€rmare 7 dagars inkubationstid i snitt).
  • KarantĂ€nen omfattade dĂ€rmed imponerande nog samtliga ovanstĂ„ende fall, varav 7582 inte bedömdes ha COVID-19 utifrĂ„n symptombaserad PCR-testning, medan 188 symptomatiska fall faststĂ€lldes med PCR.
  • Högst risk för sekundĂ€rsmitta (secondary attack rate eller SAR) sĂ„gs bland hushĂ„llsfallen (5.9%), följt av lika stor risk för sociala kontakter och kontakter pĂ„ arbetsplatsen (1.3%).
  • De analyserade sedan serologi och symptomdata och berĂ€knade att PCR-testning inriktad pĂ„ symptomatiska fall skulle missa 62% av fallen (Ă€r tyvĂ€rr ej insatt i deras statistiska bayesianska metod)
  • Risker berĂ€knades Ă€ven för olika situationer: Högst risk för hushĂ„llskontakter var att dela sovrummet, följt av att prata med ett indexfall i ≄30 min. Utanför hushĂ„llet var lĂ€ngre samtal (≄30 min) och delat fordon kopplat till risk för smitta. Att dela mĂ„ltider, indirekt kontakt eller att dela badrum var inte kopplat till ökad risk för smitta. Vissa variabler var emellertid associerade med högre smittorisk i univariata analyser (sĂ„som att vara partner till indexfallet, att ta i samma objekt/yta eller dela toalett).
  • Munskydd blev obligatoriskt utomhus först den 14:e april 2020 i Singapore, och dess effekt var dĂ€rmed för sent för att kunna pĂ„verka analysen ovan.
Forskarna anger att det utifrÄn deras fynd Àr viktigt att identifiera asymptomatiska fall (som utgjorde över en tredjedel av fallen i deras studie). DÀrför anger man i studien att man började testa alla nÀra kontakter i Singapore (satt i karantÀn) bÄde i början och slutet av deras karantÀn, oavsett symptom.
 
Metaanalyser kring risken för sekundÀrsmitta bland olika typer av kontakter har funnit en risk pÄ strax under 20%. HÀr Àr dÀrtill en Twitter-trÄd om framförallt studier kring betydelsen av presymptomatisk smitta.
 

3. Runt 40% av COVID-19-fallen Àr asymptomatiska, enligt nyare sammanstÀllning i Annals of Internal Medicine

I en ny studie i Annals of Internal Medicine har Eric Topol igen gÄtt igenom andelen smitta som utgörs av asymptomatiska fall. De nÀmner dÄ representativa seroprevalensstudier (n>426,000) som finner att Ätminstone en tredjedel av fallen Àr asymptomatiska (se Àven bilden pÄ tabellen, nedan frÄn denna artikel).

  • De kunde Ă€ven titta pĂ„ 19 longitudinella PCR-baserade studier (mediauppföljning 14 dagar), och fann att bland dessa var helt asymptomatiska 42.5%. De nĂ€mner att i brittiska REACT-studiens PCR-testdel med slumpvis utvalda hushĂ„ll, var 47-74.8% utan symptom nĂ€r de testades (45-68% enligt denna rapport i The Lancet Public Health). Flera av dessa studier kan dock inte urskilja asymptomatiska kontra presymptomatiska individer, dĂ„ de inte testade longitudinellt.
  • I ett belgiskt Ă€ldrebeonde dĂ€r 280 427 individer testades (runt hĂ€lften personal), var 74% bland personalen asymptomatiska, och 75% av de Ă€ldre asymptomatiska.
  • NĂ€r de tittade pĂ„ 18 antikroppsbaserade studier fann de att andelen asymptomatiska i snitt var 41.2% (IQR 32.6-48.1%).
  • I en relativt ny studie i Nature Medicine fann de att 67% av fallen var symptomatiska och 32.8% asymptomatiska.
  • En anan tidigare sammanstĂ€llning och metaanalys i tidskriften Official Journal of the Association of Medical Microbiology and Infectious Disease Canada har funnit att runt 17% av fallen Ă€r asymptomatiska. Den analysen hade betydligt fĂ€rre deltagare totalt sett, strax under 22 000.
 
Med vÀnliga hÀlsningar,
Jonathan Cedernaes
Leg. lÀkare, PhD/senior forskare
Read more →