Menu Close

Category: mRNA-vaccin

Reassuring mRNA vaccine safety data contrasts with severe Omicron impact in a poorly vaccinated area

After an initial summary in Swedish, each part is covered in English.
 
Säkerhetsdata för COVID-19 vaccinen är återigen betryggande, baserat på data från runt 300 miljoner givna mRNA-vaccindoser i USA (punkt 1). Därtill visar preliminär data på att SARS-CoV-2 men inte vaccinen ökar risken för död – inklusive kardiell – under de initiala veckorna, för den yngre gruppen i åldern 12-29 år.
  • Samtidigt har Hong Kong under Omicron haft en case fatality rate på ~5%, dvs. högre än England hade under sin allvarligaste våg. Det visar därmed att Omicron inte alls behöver vara mild, särskilt inte när den äldre befolkningen varit mycket dåligt vaccinerad som i Hong Kong, där man även ffa. har använt Sinovac (kontra de mer effektiva mRNA-vaccinen) (Punkt 2).
  • Men preliminär data från just Hong Kong visar – liksom för mRNA-vaccinen – att även Sinovac efter en 3:e dos ger mycket gott skydd mot svår COVID-19 orsakad av Omicron (också under punkt 2)
  • När man i en preprintstudie sen analyserade dödligheten (kardiell och av alla orsaker) i åldrarna 12-29 år, så fann forskare att SARS-CoV-2 kraftigt ökade risken för sådan dödlighet under vecka 0-6 efter en infektion. Däremot sågs ingen ökad dödlighet efter vaccination (punkt 3).
  • Säkerhetsdata från tonåringar i åldern 12-17 tycks också visa — liksom tidigare data har tytt på — att den 3:e vaccindosen är kopplad till en mycket lägre risk för myokardit än den 2:a vaccindosen (i den nya analysen sågs ~11 kontra 71 fall per miljon givna doser) (punkt 3). Därtill tyder än mer data på att vaccinen ger ett hyfsat skydd mot svår COVID-19 även bland de i åldern 5-11. Se t.ex. studierna av Klein et al., Fowlkes et al., samt av Dorabawila et al. Eventuellt är vaccinskyddet bättre för de i åldern 12-17, som dock får en 3 gånger högre vaccindos än de i åldern 5-11 år.

1. COVID-19 vaccine safety data once more reassuring — based on 298 million administered mRNA vaccine doses

 
Safety data covering 298 792 852 administered doses of mRNA vaccines was recently published in the Lancet Infectious diseases, by Rosenblum and colleagues (twitter thread summary here). This covered ~340 000 analyzed VAERS reports: There were ~313 000 non-serious, and only ~22 500 serious reports – that is, there were ~0.007% serious events/reports out of the total ~300 million given mRNA vaccine doses. Compare this low rate with COVID-19, which prior to vaccine rollout had an infection fatality rate (IFR) of >0.5-1%. Even if the reported events are under-estimates (which can also apply to COVID-19 deaths), this demonstrates magnitudes of differences in risks from vaccines vs. COVID-19:
  • An additional 7 914 583 v-safe self reports found the expected vaccine reactogenicity: <1% of participants reported seeking medical care after vaccination (0.8% after dose 1, 0.9% after dose 2). Furthermore, <0.1% of Pfizer / Moderna recipients were hospitalized.
  • Of the few observed deaths that did occur (linked in time, does not mean causality) — as in any monitored population where some die of various causes over time — most were here older: The mean age was 76, IQR 66-86. No unusual pattern was seen.
  • Important notes: A.) Also other vaccines show a small increase in deaths close to vaccination – this is expected, and possibly due to reporting bias because of intense monitoring. B.) EUAs require more intense reporting, such as of deaths, regardless of whether they can plausibly be linked to vaccination.
  • The authors write: “Safety monitoring of COVID-19 vaccines has been the most comprehensive in US history and has used established systems, including the Vaccine Safety Datalink (VSD), VAERS, and a new system, v-safe, developed specifically for monitoring COVID-19 vaccine safety“
  • Based on a similarly high number of administered doses (192 million), the myocarditis rate was recently also confirmed to be within the range reported earlier, ie up to ~1 case / 10 000 doses, in a study by Oster and colleagues: Out of the 826 monitored vaccine-associated myocarditis cases, none required the most intense treatment, such as ECMO or heart transplantation.
  • This low rate can be compared with traditional myocarditis, which is often virally induced, where ~6-16% of children seem to require heart transplants.
  • New CDC VAERS-based data reports that the vaccine-associated myocarditis risk was much lower for the 3rd vaccine dose (~11 cases per 3rd vaccine dose), compared with that seen after the 2nd vaccine dose (~71 per million 2nd doses), in the high-risk 12-17-year-old group.
  • Earlier data has found that SARS-CoV-2 in most cases carries a higher risk of myocarditis (which is described as more severe vs. that associated with vaccines). The virus also increases the risk of various other cardiac & other serious conditions. And in their prior study, Al-Aly and colleagues found many risks were higher due to COVID-19 vs after the flu (granted not all flu seasons/viruses are the same). This was also seen in the studied by Taquet and colleagues (which I also describe in my earlier blog post).
  • SARS-CoV-2 also seems to increase the risk of cognitive decline & a reduction in brain matter (foremost in olfactory brain regions) at least in middle aged individuals, according to a new study in Nature. Based on an increasing amount of data, vaccines most likely reduce these risks in breakthrough infections.
For information on the infection fatality rate (IFR) prior to vaccine rollout, please read e.g. this thread here. Especially the Delta variant increased severity/IFR, and Omicron lowered it, possibly to around the wild type level). Long term effects of Omicron are however still mostly unknown, such as the impact on cardiac or CNS health). These long term effects may also differ with new emerging variants.
 
Next, we turn to how Omicron hit Hong Kong, starting with this revealing analysis from the Financial Times:
Screenshot from https://twitter.com/jburnmurdoch/status/1503420660869214213

2. COVID-19 case fatality rate during Omicron in Hong Kong surpasses the pre vaccine era in England

This is not a peer-reviewed analysis in a scientific journal, but data analysts at the Financial Times have estimated that the mortality of COVID-19 may now be ~40 times lower than before vaccine rollout. Most of that change is thanks to the initial vaccine rollout (~11 fold reduction), but boosters and the Omicron variant has also reduced the infection fatality rate (IFR).
 
However, at the same time, Hong Kong just recently soared to the highest COVID-19 death rates worldwide: The case fatality rate was >5% and the death rate was at 25 per 100 000 individuals. So this demonstrated that Omicron is not just a “mild” disease when it hits a vulnerable, unvaccinated population.
  • When Omicron hit Hong Kong, a whopping ~66% of the vulnerable 80+ population were unvaccinated. Compared with ~2% in New Zealand. Hong Kong saw a 4.7% case fatality rate, whereas it was only ~0.1% in the well-vaccinated New Zealand. So Hong Kong actually has recently had a higher case fatality rate than England did at its 2020 peak, even though we are now 2 years into the pandemic. Over 90% of those who recently died due to COVID-19 in Hong Kong were not fully vaccinated.
  • Hong Kong has primarily used the inactivated (“traditional”) COVID-19 vaccine Sinovac. After 2 doses, protection against severe Omicron has been observed to be lower (~74%), compared with 2 doses of the the Pfizer vaccine (~89%), according to a recent preprint study. However, these estimates are higher than what has been reported based on some earlier data, e.g. from UKHSA (~50-70% vs. severe Omicron after 2 doses), but the data are consistent with preliminary Qatari data on mRNA vaccine effectiveness against Omicron.
  • In any case, protection against severe COVID-19 in those vaccinated with Sinovac increased considerably after the 3rd vaccine doses (to ~98%). This level was similar to that offered by the 3rd dose of the Pfizer mRNA vaccine, in that same study.
  • At the same time, another analysis – published in the Lancet – has once more found that Omicrion is – relatively seen – less severe than the Delta variant. This was based on 1.5 million cases. The hazard ratio for hospital admission was 0.3 for Omicron compared with Delta cases — a 70% risk reduction.
    • The analysis also found that prior infection offered about as much protection as a) two doses of the AstraZeneca vaccine, or b) as one Pfizer or Moderna vaccine doses (HR ~0.55), against hospitalization due to the Omicron variant. After a booster (i.e., any combination of 3 vaccine doses), vaccines consistently reduced the risk of hospital admission by 70% or more, compared with unvaccinated cases.
    • The article also points out the important observation that Alpha and the subsequent Delta variant both seemed to increased the risk of hospitalization. So Omicron has brought the average severity down, when compared with the preceding Delta variant — but this is again a relative comparison: According to several assessments, the Omicron variant is therefore as severe as the original variant of SARS-CoV-2.

The screenshot below, from the Lancet article by Nyberg et al., shows the risk reduction for hospitalization for vaccinated vs. unvaccinated cases, in cases with Delta or Omicron. The hazard ratio is essentially 1-vaccine effectiveness:

Figure 3 screenshot, Nyberg et al., Lancet 2022 DOI https://doi.org/10.1016/S0140-6736(22)00462-7

3. SARS-CoV-2, but not the mRNA COVID-19 vaccines, increased the risk of cardiac and all-cause deaths in 12-29-year-olds

A new preprint analysis from England, by Nafilyan et al., compared the risk of cardiac death and all-cause death from COVID-19 and the COVID-19 vaccine, among those aged 12-29 years.
 
They found that the vaccines either decreased (week 0-1) or did not change (week 2-6) the risk of cardiac or all-cause death (the early decrease is most likely due to the so-called healthy vaccinee effect). The six-week period is a useful period given how soon after administration vaccine side effects typically appear (usually within six weeks).
  • In contrast, COVID-19 in unvaccinated individuals increased the risk of cardiac and all-cause deaths, by factor 4.4-6 in the first 6 weeks after an infection (compared with the baseline period). In the first week after an infection, the risk for cardiac-related deaths was 15 fold higher in those infected but not vaccinated.
  • This was based on 212 all-cause deaths after SARS-CoV-2 and 585 deaths after COVID-19 vaccination, and looked at those who died within 12 weeks. The data for deaths after infection included those who died starting from Sep 2020, as that is when mass testing started (and again, Omicron carries a similar severity to the first variant, WA-1/2020, of SARS-CoV-2). Vaccinated cases were examined for the period December 2020 to February 2022.
  • The method used here for the analysis is called a self controlled case series, where comparisons are made within individuals. This eliminates time-invariant confounding (such as gender and education level), and was specifically developed to assess vaccine safety. This is a design suitable for situations where for example most of the population has already received a treatment (such as a vaccine), and appropriate control groups are lacking, or may differ from the treatment (i.e., here vaccinated) group.
  • Relevant to the above preprint analysis, a new CDC safety analysis based on monitoring of those age 12-17, found that the risk of myocarditis seems lower with the 3rd mRNA COVID-19 vaccine dose (recommended in the U.S. to those age 12-17): The rate was ~11 cases per million doses, compared with ~71 cases per million doses for the 2nd Pfizer mRNA COVID-19 vaccine dose.
screenshot of figure 2-3, from Nafilyan et al DOI 10.1101-2022.03.22.22272775

Med vänliga hälsningar,

Jonathan Cedernaes

Leg. läkare, PhD, docent i medicinsk cellbiologi

 

Read more →

Lägre smittsamma virusnivåer hos vaccinerade individer som smittades med Delta-varianten

I första delen går jag igenom en ny preprintstudie kring hur vaccinerade jämfört med ovaccinerade tycks ha lägre och mindre varaktiga smittsamma virusnivåer, i de fall de fick en infektion med Delta-varianten. Denna (ännu preliminära) analys var gjord med en metod som tillåter faktisk kvantifiering av smittsamma virusnivåer.

Resultaten stämmer överens med ett flertal andra studier som också finner att virusnivåerna går ner fortare hos vaccinerade jämfört med ovaccinerade som smittas. Det finns även preliminära resultat för att vaccinerade (särskilt med 3 doser) som smittas, i lägre grad riskerar smitta andra under Omicron-perioden, även om denna effekt enligt vaccineffekt-data, avtar påtagligt över tid.

I en andra del går jag igenom olika egenskaper för Omicron-varianten, och sätter det i relation till hur vissa karantän- och isoleringsregler har ändrats (t.ex. vilka dagar efter symptomdebut man kan odla smittsamt virus). Därtill diskuteras några tidigare studier om rollen för presymptomatisk smitta.

1. Vaccinerade individer smittade med Delta-varianten hade mer sällan smittsamt virus och hade lägre smittsamma virusnivåer

I en ny preprintstudie av Puhach et al. studerades prover från 118 individer som smittats före varianterna uppstod (“pre-VOC”), 127 smittade med Delta-varianten, samt 121 vaccinerade individer som fått genombrottsinfektion med Delta. Därtill ingick 18 genombrottsfall med Omicron-varianten. Alla individer hade drabbats av milda symptom. Det som är unikt i denna studie är att de använde en av de standardmetoder som finns för att faktiskt kunna kvantifiera smittsamma virusnivåer från tagna patientprover (här använde de så kallad “focus forming assay“; den andra metoden för att beräkna smittsam virustiter är viral plaque assays).

Puhach et al. fann att även om högre virusnivåer uppmättes för infektioner med SARS-CoV-2 före varianterna (såsom Delta) uppstod (4.5x), så medförde Delta-varianten högre nivåer av odlingsbart (infektiöst) virus, med faktor 3.23. Samtidigt var virusnivåerna (här mättes ej odlingsbart virus) desamma för Delta och Omicron.

Studien visade att även virusmängder mätta med PCR bara svagt korrelerade med om patientprover var smittsamma eller inte (korrelationsvärde ~0.1 till ~0.4). I studien hade de lyckats kvantifiera virusmängderna i 84-92% av isolaten.

  • Liksom flera tidigare studier (länkade nedan) gick även virusnivåerna ner mycket snabbare hos vaccinerade kontra ovaccinerade individer (se länkar nedan).
  • Det viktigaste fyndet (se skärmdumpen nedan) var dock att vaccinerade kontra ovaccinerade individer, som hade smittats med Delta-varianten, hade betydligt lägre frekvens av smittsamma prover, och även lägre nivåer av smittsamt virus – med faktor 4.8 (utifrån PCR-nivå, faktor 2.5). Dvs. med den betydligt viktigare nivån, infektiösa virusnivåer, så var nivån betydligt lägre hos vaccinerade kontra ovaccinerade individer. När de sen gjorde om analysen utifrån ålder, kön och dagar sen symptomdebut, så var de infektiösa virusnivåerna 9.3 gånger lägre hos vaccinerade kontra ovaccinerade individer.

En viktig aspekt här var att de alltså även redovisade och kunde justera dessa data fördelat på dagar sen symptomdebut:

  • Här såg de att virusnivåerna – inklusive kvantifieringen av de smittsamma – var lägre för vaccinerade särskilt kring dag 4-5 efter symptomdebut (se panel B-C nedan). Detta skulle stämma övrens med att vaccinerade individer snabbare kan hämma aktiv virusutsöndring, och förblir smittsamma under färre dagar.
  • Viktigt att notera är dock att vid 5 dagar efter symptomdebut, så var fortfarande ~54% av de vaccinerades prover smittsamma. Men det kan då jämföras med runt 84% av de ovaccinerades prover. Detta är dock viktigt utifrån isoleringstider (mer om det i senare del av inlägget), som nyligen ändrats i flera länder, inklusive i Sverige, i och med Omicrons omfattande smittspridning. Det är även relevant utifrån annan data om tidpunkten för när Omicronsmitta kanske når maximala virusnivåer (dock finns där enbart data utifrån PCR-analyser), enligt min beskrivning längre ner.

För denna senare analys är det värt att nämna att individerna var matchade för ålder och könsfödelning, samt att nästan alla hade vaccinerats med Pfizers och Modernas mRNA-vaccin. Snittiden till genombrottsinfektionen var här nära 3 månader (80 dagar). Utifrån annan data (se t.ex. här) så kan man tänka sig att genombrottsinfektioner/reinfektioner som inträffar längre tid från senaste given dos (eller infektion) ökar chansen att kunna isolera smittsamt virus från en vaccinerad individ. De gjorde dock en korrelationsanalys för detta och såg ingen sådan korrelation. En annan styrka i analysen är att de bara inkluderade prover med CT-värden <27, något som därmed bör ha minskat risken för falskt negativa prover, och begränsat analysen till de som enligt andra mått är mer sannolika att ev. kunna vara smittsamma.

En aspekt vad gäller jämförelsen av virusnivåer mellan varianterna, är att de för tidigare prover givetvis har behövt frysa dem. Detta kan ha påverkat hur viabla virusen senare var, men rätt hanterat klarar virus att frysas och tinas flera gånger.

Detta är för övrigt från några av samma forskare som redan i april 2020 kunde visa att man kan odla virus från barns luftvägsprover, i samma utsträckning som från vuxna (se gärna min tidigare sammanställning här).

Sammantaget överensstämmer resultaten med att Delta-varianten var mer smittsam, samt att vaccinet åtminstone i viss grad skyddar mot överföring av smitta (som man även funnit är fallet under både Delta och Omicron, åtminstone i månaderna efter vaccinering – se Allen et al., Shamier et al., Lyngse et al. samt de Gier et al.). Även en dansk preprintstudie indikerar att vaccinerade (särskilt 3-dosvaccinerade) individer även under Omicron har lägre risk för vidareföring av smitta i hushållet, jämfört med ovaccinerade. Observera att denna riskreducering inte observerades rakt igenom, förutom för de vaccinerade med 3-doser. Därtill tycks effekten utifrån vaccineffektdata, avta över tid räknat från senaste vaccinationstillfället (se även denna sammanställning).

Den nya preprintstudien av Puhach et al. belyser också att i de fall man inte funnit att vaccinet ger visst skydd mot överföring i hushåll, så kan det också delvis bero på att beteendet kan ha påverkats hos vaccinerade (då åt ett mer oförsiktigt håll), medan dessa lab-studier är oberoende av sådana skillnader i beteende (belyser också därmed vikten av att informera korrekt om att vaccinen kan minska riskerna, med olika mycket beroende på utfall/parameter).

Nedan skärmdump från Puhach et al., (medRxiv 2021 DOI 10.1101/2022.01.10.22269010). Visar i översta panelen att både avseende virusmängd mätt med PCR, samt utifrån smittsamma virusmängder, så har vaccinerade (blåa) individer lägre nivåer än ovaccinerade (röda) individer.

Screenshot Puhach et al. medRxiv 2021 DOI 10.1101-2022.01.10.22269010

2. Virusnivåerna i relation till symptomdebut för Omicron, samt om tiden för karantän och isolering för att minimera smittsamhet

Vad gäller Omicron har man för övrigt funnit att virusnivåerna kan nå sin högsta fas senare, jämfört med tidigare varianter, i relation till symptomdebut. Eventuellt kan resultatet dock påverkas av att man i den nya preprintstudien framförallt undersökte vaccinerade individer: Vaccinerade individer kan spekuleras snabbare får ett cytokinpåslag, som ger snabbare symptomdebut (ev. kortare inkubationstid) vid exponering för SARS-CoV-2.

Som jag har beskrivit tidigare, ser man emellertid att vaccinerade vid eventuell smitta har symptom en kortare tid jämfört med ovaccinerade (jag har beskrivit detta för tidigare varianter i detta tidigare inlägg).

Den japanska preprintstudien från National Institute of Infectious Diseases, analyserade data utifrån 83 prover, från 21 fall (19 vaccinerade och 2 ovaccinerade; 17 milda & 4 asymptomatiska fall). I relation till symptomdebut, fann de att virusnivåerna var som högst efter 3-6 dagar (se skärmdumpen längre ner), för att sedan gå ner påtagligt fram till dag 10. Inga smittsamma (viabla) isolat kunde detekteras mer än 10 dagar från symptomdebut (denna senare punkt stämmer därmed i stort sett med många tidigare studier). Dock är urvalet mindre här, så resultaten kan vara skeva i förhållande till hur det ser ut för den bredare befolkningen.

I ovanstående preprintstudie var emellertid 11-19% av de prover som togs mellan dag 6 och 9 efter symptomdebut, fortfarande smittsamma virusprover (~19% hos de symptomatiska individerna). Modellering har nyligen gjorts – men utifrån data före Omicron – som beräknade att efter 5 dagar (dvs. motsvarar CDC:s nya isolerings-rekommendation), så är fortfarande 1 av 3 (31%) smittsamma. I stället är fortfarande 16% smittsamma efter 7 dagar räknat från symptomdebut.

Om man i stället lade till ett krav på två negativa antigentest vid dag 7, så kunde man då få ner andelen smittsamma till 5% (antigentest är en bra prediktor på hur länge man kan isolera viabelt virus).

I viss kontrast mot ovanstående data – som stöd för att man oftast inte är smittsam mer än 10 dagar – kan man i stället ta en preprintstudie av Hay et al., där prover tagit på amerikanska NBA-spelare. Den har visserligen bara använt qPCR för att mäta virusnivåerna, men man såg då att bland regelbundet testade individer (så att man t.ex. kunde detektera när de blev positiva), räknat 5 dagar efter ett positivt svar, så låg ~50% fortfarande på virusnivåer som skulle kunna vara smittsamma (CT värde < 30). Dock är det en relativ hög virusnivå som inte behöver innebära att man är mycket smittsam.

I en annan grupp (70 individer) som testades mindre regelbundet så hade ~40% fortfarande höga virusnivåer vid dag 5. Däremot hade inga en så hög virusnivå efter 11 dagar, och deras data tydde på att virusnivåerna är förhöjda en kortare tid vid Omicron (~9.9 dagar) kontra Delta (~10.9 dagar), samt att virusnivåerna – utifrån CT-värden – var något lägre. Men det senare är därmed en sämre analys än föregående analys av Puhach et al., där man kvantifierade virusmängden i focus forming assays. Därtill hade den senare analysen inte justerat för deltagarnas serostatus (ev. tidigare infektioner) samt vaccinationer – sådan data ska tillkomma senare anger de.

Även om man alltså i sociala medier ser många testa positiv på antigentester i många dagar, med Omicron, så går dock meningarna lite isär kring hur man ska tolka eller agera utifrån testpositivitet (med antigentest) som dröjer sig kvar mer än 10 dagar. Vissa har förordat dagliga antigentest (om det vore tillgängligt).

Tidigare studier har indikerat att det från milda SARS-CoV-2-infektioner, i de flesta fall, har varit svårt att isolera smittsamt virus efter mer än 8-10 dagar från symptomdebut, samt mer än några dagar före symptomdebut (se t.ex. Arons et al. i NEJM, från maj 2020, samt Wölfel et al., i Nature, från april 2020). Därför hade CDC och många andra länder 10 dagars isolering från symptomdebut eller positivt test (initialt hade många länder såsom USA, med 14 dagars karantän). Sverige har tidigare kört med en 7 dagars lång isolering, med symptominriktad förbättring på slutet.

Vissa experter anser dock nu – när man har (bättre) tillgång till antigentest – att man ska stanna hemma tills man är helt negativ på antigentest. Positivt svar på dessa tester motsvarar relativt väl sannolikheten att kunna odla smittsamt virus. På grund av Omicrons utbredda smitta har man behövt värdera om man kan korta karantän-/isoleringstiden ytterligare, såsom CDC och nyligen Folkhäslomyndigheten gjorde, I Sverige kortades nyligen denna tid till 5 dagar, inklusive en sen tidigare 48 timmars feberfri period på slutet.

CDC kortade ner perioden till 5 dagars isolering/karantän – för vissa subgrupper – i slutet av december. Detta gjordes framförallt för att kunna minimera samhällspåverkan utifrån utbredd möjlig samtidig frånvaro av vissa essentiella yrkeskategorier. Däremot omfattades de som t.ex. nyligen fått en 2:a mRNA-vaccindos, eller en boosterdos inte av karantän efter en exponering för någon smittad (men de skulle ändå bara munskydd i 10 dagar).

Den mer säkra riktlinje som diskuterats vad avser testning, har varit två negativa tester inom 24 timmar. CDC har som alternativ ett negativt antigentest efter 5 dagars karantän samt vid isolering. De anger också att man kan förbättra säkerheten genom att ta två antigentest (med 24-48 timmars mellanrum). För övrigt anger t.ex. här CDC att man vid negativt test efter 5 dagars karantän eller isolering, fortfarande ska bära en välfungerande mask/andningsskydd, tills 10 dagar har gått från insjuknandet (masker, och numera än mer andningsskydd av typen N95, används fortfarande brett i många delar av USA, framförallt inomhus men även utomhus i kalla delar/tider).

  • På denna punkt tycks därtill allt fler sjukhus landa i att man t.ex. vid vård av COVID-19-patienter ska kräva minst FFP2 (eller FFP3)-andningsskydd. T.ex. har man nyligen ändrat till FFP3-krav i Storbritannien vid t.ex. vård av misstänka COVID-19-patienter, då man också anger att SARS-CoV-2 smittas till hög grad via den luftburna vägen.

Däremot är det ännu okänt hur virusnivåerna för Omicronvarianten ser ut i relation till tiden före symptomdebut. Som jag har beskrivit tidigare har man sen tidigt under 2020 funnit att virusnivåerna är högst precis före (eller precis vid) symptomdebut. Se t.ex. denna studie av He et al. i Nature Medicine (april 2020; sammanfattad tillsammans med annan liknande studiedata här samt här).

T.ex. har flera studier funnit högst virusnivåer strax före symptomdebut. I sammanhanget har därtill den tidigare dominanta Delta-varianten beräknats ge än mer presymptomatisk smitta (högst virusmängd ~2 dagar före symptomdebut; ~74% presymptomatisk smitta – denna andel varierar givetvis beroende på en rad betingelser).

Att Delta liksom tidigare varianter medförde hög andel presymptomatisk smitta, stöds även av följande studie av Zhang et al. (2021), som beräknat att ~65% av smittan sker presymptomatiskt.

Nedan data från japanska National Institute of Infectious Diseases, som visar att i relation till symptomdebut, var virusnivåerna som högst efter 3-6 dagar, vid en Omicroninfektion och mätt med PCR:

From "Active epidemiological investigation on SARS-CoV-2 infection caused by Omicron variant (Pango lineage B.1.1.529) in Japan: preliminary report on infectious period

Med vänliga hälsningar,

Jonathan Cedernaes

Leg. läkare, Ph.D., Docent i medicinsk cellbiologi

Read more →

Kort om immuniteten post COVID-19 och efter vaccination

Ett kortare inlägg om hur immuniteten jämför sig efter infektion med SARS-CoV-2 (COVID-19), kontra efter vaccinering mot COVID-19. Vi har nu data som tyder på att Omicron sänker skyddet från vaccinen, och även vid tidigare COVID-19. Därav är det enligt många (t.ex. FHM, ECDC och CDC) viktigt att vaccinera med en 3:e vaccindos (hos fullvaccinerade), och åtminstone med 1 (men helst med 2) doser hos de med genomgången COVID-19. Anledningar redovisas i en längre utläggning nedan, liksom i min tidigare bloggpost här. Se även längre ner Folkhälsomyndighetens rekommendationer, som är de som gäller.
 
Dels finns det en variabilitet i immunsvaret efter genomgången infektion – en betydande andel serokonverterar inte enligt flera studier (se återigen mitt tidigare blogginlägg, samt denna tråd). Nivåerna av neutraliserande antikroppar är därtill mycket variabla över tid efter COVID-19. Antikroppsnivåerna (mot spike-proteinet som man vaccinerar mot) är därtill t.ex. över lång tid betydligt högre efter vaccinering jämfört med efter COVID-19, och 99% av alla som vaccineras serokonverterar (dvs. i princip alla med ett normalt fungerande immunförsvar).
 
Att antikroppsnivåerna åtminstone initialt är högre efter vaccinering, är ett fynd som ses genomgående i många studier, åtminstone för mRNA-vaccinen. Nivåerna tycks emellertid (av naturliga skäl) gå ner fortare från den initialt mycket höga nivån, efter vaccinering (se även mitt tidigare Facebook-inlägg här – den i inlägget beskrivna studien har nu publicerats i tidskriften Vaccines). Till detta kan man tillägga preliminär data som tyder på att de som har fått 3 vaccindoser, uppvisar högre antikroppsnivåer än de som bara har haft COVID-19 och hade vaccinerats med 2 doser, samt givetvis betydligt fler än de som bara hade haft COVID-19 (det kan givetvis finnas variation eller selektionsbias i denna studie; se även punkt 3 i mitt tidigare blogginlägg om Omicron här).
 
Samtidigt tycks just tre vaccindoser – utifrån antikroppsbaserad immunitet – också på många sätt överträffa eller vara likvärdigt med den som fås av tidigare COVID-19 och efterföljande vaccinering, eller genom genombrottsinfektion efter tidigare tvådosvaccinering (se tråd här).
 
De olika typerna av immunitet tycks därmed hålla olika väl över tid utifrån olika aspekter och analyser, och denna bild kan givetvis ändra sig ytterligare med tiden och nya varianter (många argumenterar vidare för att det vore konstigt om det inte i de flesta fall – men med ovan nämnda variabilitet – sågs en hyfsat god och lång immunitet mot svår COVID-19, efter en sådan genomgången infektion, eftersom man exponeras för så mycket av viruset, och så många olika virusproteiner).
 
Men exponering för virusets proteiner på ett av sätten – genom en SARS-CoV-2-infektion – är givetvis betydligt mer riskabelt.
 
Om något tycks det immunologiska T-cellssvaret ur flera aspekter kunna vara något sämre mot Omicrons Spikeprotein, hos de med tidigare COVID-19, jämfört med efter vaccinering, enligt en ny studie i Nature Medicine av forskare från Karolinska Institutet. Detta fynd gäller både på CD4+ och CD8+ T-cellssidan. T.ex. sågs 8% lägre CD8+ T-cellssvar mot Omicrons Spike-protein hos de som hade vacccinerats med två doser Pfizers mRNA-vaccin (BNT162b2), medan reduktionen var 30% hos de som tidigare hade haft COVID-19 (maximal reduktion var 55% respektive 63%). För CD4+ T-cellssvaret var reduktion icke-signifikant på 9% hos de vaccinerade individerna, kontra signifikanta 16% hos de med tidigare COVID-19 (se skärmdumpen nedan, från Gao et al.).

När de slog samman CD4+ och CD8+ T-cellssvaret mot Omicron, sågs ett försämrat svar hos de som tidigare hade haft COVID-19, men ingen reduktion i svaret hos de som hade vaccinerats. Notera att de med tidigare COVID-19 i denna studie hade smittats under våren 2020, så de var inte smittade med de senare varianterna (såsom Alpha, Beta eller Delta). Resultaten kan därmed eventuellt skilja sig för de som smittats av andra varianter av SARS-CoV-2.
 
Annan data tyder på ett likvärdigt T-cellssvar mot Omicron hos de med tidigare COVID-19, jämfört med de som har vaccinerats. Givetvis får man dock efter vaccinering inte ett T-cellssvar mot lika många proteiner – vaccinen immuniserar mot Spike-proteinet.
 
Så man kan inte heller påstå att genomgången COVID-19 i sig skyddar bättre rakt av, det blir missvisande – även om många analyser finner att i snitt så har de med tidigare COVID-19 ett bra eller rentav bättre skydd i jämförelse med vaccinen över tid – åtminstone under Delta-perioden (se preprintsstudien av Gazit et al., samt ny publicerad CDC-data).
 
Detta skydd (både efter tidigare COVID-19 och medierat av vaccinen) har dock försämrats betydligt i och med Omicron, åtminstone vad avser skyddet mot infektion/symptomatisk COVID-19. Därutöver, om man tittar under den tidigare Alpha-perioden (visserligen närmare inpå när vaccinen hade getts och antikroppsnivåerna är så höga), så hade i stället de med COVID-19 sämre skydd mot infektion, än fullvaccinerade individer (och som teknikalitet är detta därtill ingen preprintstudie, utan redan publicerad i Nature Medicine). Denna fördel för vaccinen sågs även i den ovan nämnda CDC-artikeln.
 
Allt detta är då återigen med den brasklappen, att det innebär en mängd risker att smittas med SARS-CoV-2 och riskera olika former av COVID-19 och dess följdeffekter – inte minst död i sjukdomen (risker som i snitt är betydligt lägre vid en reinfektion, efter tidigare immunitet). Mer om det kan ni läsa i mitt tidigare blogginlägg här, samt i denna studie av Barda et al. i NEJM.
 
I stället anses vaccinen vara oerhört säkra, något som är redovisat i många analyser i peer-review-granskade tidskrifter från flera olika länder, och av varandra oberoende forskare, samt utifrån miljontals givna doser – även avseende riskerna för hjärtat (även om det finns en låg risk, liksom det finns med de flesta vaccin). Det finns därtill nu data för skyddet som fås av 2 och 3 doser vaccin, upp till 3-4 månader mot Omicron-varianten.

Att 3 doser kan ge ett gott skydd mot svår COVID-19, har observerats i analyser av stora delar av den allmänna befolkningen (ålder 18+) samt för äldre individer (65+), som utgör en riskgrupp för svårare COVID-19. Datan visar att överlag, med 3 vaccindoser, erhåller man i snitt runt 90% skydd mot svår COVID-19 orsakad av Omicron-varianten, och detta i åtminstone 3 månaders tid (se gärna här, samt mitt uppdaterade blogginlägg här). En full vaccinationsserie har samtidigt tidigare visat sig ge lägre risk för en reinfektion för de som tidigare har haft COVID-19.
 
Antikropparna håller sig därtill enligt ny preliminär data på relativt hög nivå – mot just Omicron – upp till 4 månader efter den 3:e dosen. Men oavsett det är alltså risken för reinfektion (efter tidigare COVID-19) eller genombrottsinfektion (vid vaccinering) alltså betydligt förhöjd med den nu dominerande Omicron-varianten (B.1.1.529).

Därav har t.ex. ECDC tidigt under Omicrons spridning – liksom nu WHO, för vuxna – påpekat vikten av att vaccinera med en 3:e dos. Vid tidigare COVID-19 anser många experter att man åtminstone borde ta någon vaccindos (i det senare fallet anser en del att det är bättre med två vaccindoser, se även punkt 2 här i mitt tidigare blogginlägg). En del argumenterar därför för att man ska erkänna tidigare COVID-19 som att motsvara skyddseffekten av en vaccindos.
 
Här är det viktigt att påpeka att t.ex. Folkhälsomyndigheten och CDC alltså anger att man ska vaccinera sig även efter genomgången COVID-19. Liksom jag redovisar ovan nämner de som anledning att man inte vet hur varaktigt skyddet efter COVID-19 är, att skyddet efter COVID-19 är variabelt, samt att vaccinationen då [ytterligare] minskar risken att man smittar andra (Detta tycks även i viss mån gälla under Omicron-smittspridningen, i alla fall ifall om man tittar på de som har fått åtminstone två, men särskilt tre vaccindoser – noter att detta också är en preprintstudie som därmed behöver granskas externt). Folkhälsomyndigheten anger även att man ska ta en boosterdos (vid det angivna dosintervallet), även om man tidigare har haft COVID-19.
 
Sen är det även missvisande att som vissa gör påstå att vaccinskyddet alltid är mer kortvarigt och “begränsat”. T-cellssvaret efter vaccination består liksom efter COVID-19 också väl över tid, även vid en given dos som är lägre än de nuvarande använda vaccinen (25 µg här, kontra 30 µg i Pfizers, och 50-100 µg i Modernas vaccindoser, se Mateus et al., Science 2021). Ni får vidare gärna läsa punkt 3 i mitt tidigare blogginlägg, där jag går igenom hur vaccinskyddet har hållit väl över tid, inklusive under Deltaperioden, dvs. en period som inträffade flera månader efter många hade vaccinerats i t.ex. USA (som de flesta av studierna i inlägget berör).

 

Ovanstående berör bara ett urval av alla studier, och det kommer givetvis komma fler jämförelser över tid, t.ex. fler långtidsstudier avseende skyddseffekten av olika typer av tidigare immunitet mot Omicron-varianten.

Med vänliga hälsningar,

Jonathan Cedernaes

Leg. läkare, PhD, docent i medicinsk cellbiologi

Screenshot below from Figure 1b. Gao et al. Nature Medicine 2022, showing the T-cell response against WT and the Omicron variant (B.1.1.529) of SARS-CoV-2.

Screenshot. Figure 1b. Gao et al. Nature Medicine 2022. 0.1038-s41591-022-01700-x
Read more →