I första delen gÄr jag igenom en ny preprintstudie kring hur vaccinerade jÀmfört med ovaccinerade tycks ha lÀgre och mindre varaktiga smittsamma virusnivÄer, i de fall de fick en infektion med Delta-varianten. Denna (Ànnu preliminÀra) analys var gjord med en metod som tillÄter faktisk kvantifiering av smittsamma virusnivÄer.
Resultaten stÀmmer överens med ett flertal andra studier som ocksÄ finner att virusnivÄerna gÄr ner fortare hos vaccinerade jÀmfört med ovaccinerade som smittas. Det finns Àven preliminÀra resultat för att vaccinerade (sÀrskilt med 3 doser) som smittas, i lÀgre grad riskerar smitta andra under Omicron-perioden, Àven om denna effekt enligt vaccineffekt-data, avtar pÄtagligt över tid.
I en andra del gÄr jag igenom olika egenskaper för Omicron-varianten, och sÀtter det i relation till hur vissa karantÀn- och isoleringsregler har Àndrats (t.ex. vilka dagar efter symptomdebut man kan odla smittsamt virus). DÀrtill diskuteras nÄgra tidigare studier om rollen för presymptomatisk smitta.
1. Vaccinerade individer smittade med Delta-varianten hade mer sÀllan smittsamt virus och hade lÀgre smittsamma virusnivÄer
I en ny preprintstudie av Puhach et al. studerades prover frĂ„n 118 individer som smittats före varianterna uppstod (“pre-VOC”), 127 smittade med Delta-varianten, samt 121 vaccinerade individer som fĂ„tt genombrottsinfektion med Delta. DĂ€rtill ingick 18 genombrottsfall med Omicron-varianten. Alla individer hade drabbats av milda symptom. Det som Ă€r unikt i denna studie Ă€r att de anvĂ€nde en av de standardmetoder som finns för att faktiskt kunna kvantifiera smittsamma virusnivĂ„er frĂ„n tagna patientprover (hĂ€r anvĂ€nde de sĂ„ kallad “focus forming assay“; den andra metoden för att berĂ€kna smittsam virustiter Ă€r viral plaque assays).
Puhach et al. fann att Àven om högre virusnivÄer uppmÀttes för infektioner med SARS-CoV-2 före varianterna (sÄsom Delta) uppstod (4.5x), sÄ medförde Delta-varianten högre nivÄer av odlingsbart (infektiöst) virus, med faktor 3.23. Samtidigt var virusnivÄerna (hÀr mÀttes ej odlingsbart virus) desamma för Delta och Omicron.
Studien visade att Àven virusmÀngder mÀtta med PCR bara svagt korrelerade med om patientprover var smittsamma eller inte (korrelationsvÀrde ~0.1 till ~0.4). I studien hade de lyckats kvantifiera virusmÀngderna i 84-92% av isolaten.
- Liksom flera tidigare studier (lÀnkade nedan) gick Àven virusnivÄerna ner mycket snabbare hos vaccinerade kontra ovaccinerade individer (se lÀnkar nedan).
- Det viktigaste fyndet (se skĂ€rmdumpen nedan) var dock att vaccinerade kontra ovaccinerade individer, som hade smittats med Delta-varianten, hade betydligt lĂ€gre frekvens av smittsamma prover, och Ă€ven lĂ€gre nivĂ„er av smittsamt virus â med faktor 4.8 (utifrĂ„n PCR-nivĂ„, faktor 2.5). Dvs. med den betydligt viktigare nivĂ„n, infektiösa virusnivĂ„er, sĂ„ var nivĂ„n betydligt lĂ€gre hos vaccinerade kontra ovaccinerade individer. NĂ€r de sen gjorde om analysen utifrĂ„n Ă„lder, kön och dagar sen symptomdebut, sĂ„ var de infektiösa virusnivĂ„erna 9.3 gĂ„nger lĂ€gre hos vaccinerade kontra ovaccinerade individer.
En viktig aspekt hÀr var att de alltsÄ Àven redovisade och kunde justera dessa data fördelat pÄ dagar sen symptomdebut:
- HĂ€r sĂ„g de att virusnivĂ„erna â inklusive kvantifieringen av de smittsamma â var lĂ€gre för vaccinerade sĂ€rskilt kring dag 4-5 efter symptomdebut (se panel B-C nedan). Detta skulle stĂ€mma övrens med att vaccinerade individer snabbare kan hĂ€mma aktiv virusutsöndring, och förblir smittsamma under fĂ€rre dagar.
- Viktigt att notera Àr dock att vid 5 dagar efter symptomdebut, sÄ var fortfarande ~54% av de vaccinerades prover smittsamma. Men det kan dÄ jÀmföras med runt 84% av de ovaccinerades prover. Detta Àr dock viktigt utifrÄn isoleringstider (mer om det i senare del av inlÀgget), som nyligen Àndrats i flera lÀnder, inklusive i Sverige, i och med Omicrons omfattande smittspridning. Det Àr Àven relevant utifrÄn annan data om tidpunkten för nÀr Omicronsmitta kanske nÄr maximala virusnivÄer (dock finns dÀr enbart data utifrÄn PCR-analyser), enligt min beskrivning lÀngre ner.
För denna senare analys Àr det vÀrt att nÀmna att individerna var matchade för Älder och könsfödelning, samt att nÀstan alla hade vaccinerats med Pfizers och Modernas mRNA-vaccin. Snittiden till genombrottsinfektionen var hÀr nÀra 3 mÄnader (80 dagar). UtifrÄn annan data (se t.ex. hÀr) sÄ kan man tÀnka sig att genombrottsinfektioner/reinfektioner som intrÀffar lÀngre tid frÄn senaste given dos (eller infektion) ökar chansen att kunna isolera smittsamt virus frÄn en vaccinerad individ. De gjorde dock en korrelationsanalys för detta och sÄg ingen sÄdan korrelation. En annan styrka i analysen Àr att de bara inkluderade prover med CT-vÀrden <27, nÄgot som dÀrmed bör ha minskat risken för falskt negativa prover, och begrÀnsat analysen till de som enligt andra mÄtt Àr mer sannolika att ev. kunna vara smittsamma.
En aspekt vad gÀller jÀmförelsen av virusnivÄer mellan varianterna, Àr att de för tidigare prover givetvis har behövt frysa dem. Detta kan ha pÄverkat hur viabla virusen senare var, men rÀtt hanterat klarar virus att frysas och tinas flera gÄnger.
Detta Àr för övrigt frÄn nÄgra av samma forskare som redan i april 2020 kunde visa att man kan odla virus frÄn barns luftvÀgsprover, i samma utstrÀckning som frÄn vuxna (se gÀrna min tidigare sammanstÀllning hÀr).
Sammantaget överensstĂ€mmer resultaten med att Delta-varianten var mer smittsam, samt att vaccinet Ă„tminstone i viss grad skyddar mot överföring av smitta (som man Ă€ven funnit Ă€r fallet under bĂ„de Delta och Omicron, Ă„tminstone i mĂ„naderna efter vaccinering â se Allen et al., Shamier et al., Lyngse et al. samt de Gier et al.). Ăven en dansk preprintstudie indikerar att vaccinerade (sĂ€rskilt 3-dosvaccinerade) individer Ă€ven under Omicron har lĂ€gre risk för vidareföring av smitta i hushĂ„llet, jĂ€mfört med ovaccinerade. Observera att denna riskreducering inte observerades rakt igenom, förutom för de vaccinerade med 3-doser. DĂ€rtill tycks effekten utifrĂ„n vaccineffektdata, avta över tid rĂ€knat frĂ„n senaste vaccinationstillfĂ€llet (se Ă€ven denna sammanstĂ€llning).
Den nya preprintstudien av Puhach et al. belyser ocksÄ att i de fall man inte funnit att vaccinet ger visst skydd mot överföring i hushÄll, sÄ kan det ocksÄ delvis bero pÄ att beteendet kan ha pÄverkats hos vaccinerade (dÄ Ät ett mer oförsiktigt hÄll), medan dessa lab-studier Àr oberoende av sÄdana skillnader i beteende (belyser ocksÄ dÀrmed vikten av att informera korrekt om att vaccinen kan minska riskerna, med olika mycket beroende pÄ utfall/parameter).
Nedan skÀrmdump frÄn Puhach et al., (medRxiv 2021 DOI 10.1101/2022.01.10.22269010). Visar i översta panelen att bÄde avseende virusmÀngd mÀtt med PCR, samt utifrÄn smittsamma virusmÀngder, sÄ har vaccinerade (blÄa) individer lÀgre nivÄer Àn ovaccinerade (röda) individer.
2. VirusnivÄerna i relation till symptomdebut för Omicron, samt om tiden för karantÀn och isolering för att minimera smittsamhet
Vad gÀller Omicron har man för övrigt funnit att virusnivÄerna kan nÄ sin högsta fas senare, jÀmfört med tidigare varianter, i relation till symptomdebut. Eventuellt kan resultatet dock pÄverkas av att man i den nya preprintstudien framförallt undersökte vaccinerade individer: Vaccinerade individer kan spekuleras snabbare fÄr ett cytokinpÄslag, som ger snabbare symptomdebut (ev. kortare inkubationstid) vid exponering för SARS-CoV-2.
Som jag har beskrivit tidigare, ser man emellertid att vaccinerade vid eventuell smitta har symptom en kortare tid jÀmfört med ovaccinerade (jag har beskrivit detta för tidigare varianter i detta tidigare inlÀgg).
Den japanska preprintstudien frÄn National Institute of Infectious Diseases, analyserade data utifrÄn 83 prover, frÄn 21 fall (19 vaccinerade och 2 ovaccinerade; 17 milda & 4 asymptomatiska fall). I relation till symptomdebut, fann de att virusnivÄerna var som högst efter 3-6 dagar (se skÀrmdumpen lÀngre ner), för att sedan gÄ ner pÄtagligt fram till dag 10. Inga smittsamma (viabla) isolat kunde detekteras mer Àn 10 dagar frÄn symptomdebut (denna senare punkt stÀmmer dÀrmed i stort sett med mÄnga tidigare studier). Dock Àr urvalet mindre hÀr, sÄ resultaten kan vara skeva i förhÄllande till hur det ser ut för den bredare befolkningen.
I ovanstĂ„ende preprintstudie var emellertid 11-19% av de prover som togs mellan dag 6 och 9 efter symptomdebut, fortfarande smittsamma virusprover (~19% hos de symptomatiska individerna). Modellering har nyligen gjorts â men utifrĂ„n data före Omicron â som berĂ€knade att efter 5 dagar (dvs. motsvarar CDC:s nya isolerings-rekommendation), sĂ„ Ă€r fortfarande 1 av 3 (31%) smittsamma. I stĂ€llet Ă€r fortfarande 16% smittsamma efter 7 dagar rĂ€knat frĂ„n symptomdebut.
Om man i stÀllet lade till ett krav pÄ tvÄ negativa antigentest vid dag 7, sÄ kunde man dÄ fÄ ner andelen smittsamma till 5% (antigentest Àr en bra prediktor pÄ hur lÀnge man kan isolera viabelt virus).
I viss kontrast mot ovanstĂ„ende data â som stöd för att man oftast inte Ă€r smittsam mer Ă€n 10 dagar â kan man i stĂ€llet ta en preprintstudie av Hay et al., dĂ€r prover tagit pĂ„ amerikanska NBA-spelare. Den har visserligen bara anvĂ€nt qPCR för att mĂ€ta virusnivĂ„erna, men man sĂ„g dĂ„ att bland regelbundet testade individer (sĂ„ att man t.ex. kunde detektera nĂ€r de blev positiva), rĂ€knat 5 dagar efter ett positivt svar, sĂ„ lĂ„g ~50% fortfarande pĂ„ virusnivĂ„er som skulle kunna vara smittsamma (CT vĂ€rde < 30). Dock Ă€r det en relativ hög virusnivĂ„ som inte behöver innebĂ€ra att man Ă€r mycket smittsam.
I en annan grupp (70 individer) som testades mindre regelbundet sĂ„ hade ~40% fortfarande höga virusnivĂ„er vid dag 5. DĂ€remot hade inga en sĂ„ hög virusnivĂ„ efter 11 dagar, och deras data tydde pĂ„ att virusnivĂ„erna Ă€r förhöjda en kortare tid vid Omicron (~9.9 dagar) kontra Delta (~10.9 dagar), samt att virusnivĂ„erna â utifrĂ„n CT-vĂ€rden â var nĂ„got lĂ€gre. Men det senare Ă€r dĂ€rmed en sĂ€mre analys Ă€n föregĂ„ende analys av Puhach et al., dĂ€r man kvantifierade virusmĂ€ngden i focus forming assays. DĂ€rtill hade den senare analysen inte justerat för deltagarnas serostatus (ev. tidigare infektioner) samt vaccinationer â sĂ„dan data ska tillkomma senare anger de.
Ăven om man alltsĂ„ i sociala medier ser mĂ„nga testa positiv pĂ„ antigentester i mĂ„nga dagar, med Omicron, sĂ„ gĂ„r dock meningarna lite isĂ€r kring hur man ska tolka eller agera utifrĂ„n testpositivitet (med antigentest) som dröjer sig kvar mer Ă€n 10 dagar. Vissa har förordat dagliga antigentest (om det vore tillgĂ€ngligt).
Tidigare studier har indikerat att det frÄn milda SARS-CoV-2-infektioner, i de flesta fall, har varit svÄrt att isolera smittsamt virus efter mer Àn 8-10 dagar frÄn symptomdebut, samt mer Àn nÄgra dagar före symptomdebut (se t.ex. Arons et al. i NEJM, frÄn maj 2020, samt Wölfel et al., i Nature, frÄn april 2020). DÀrför hade CDC och mÄnga andra lÀnder 10 dagars isolering frÄn symptomdebut eller positivt test (initialt hade mÄnga lÀnder sÄsom USA, med 14 dagars karantÀn). Sverige har tidigare kört med en 7 dagars lÄng isolering, med symptominriktad förbÀttring pÄ slutet.
Vissa experter anser dock nu â nĂ€r man har (bĂ€ttre) tillgĂ„ng till antigentest â att man ska stanna hemma tills man Ă€r helt negativ pĂ„ antigentest. Positivt svar pĂ„ dessa tester motsvarar relativt vĂ€l sannolikheten att kunna odla smittsamt virus. PĂ„ grund av Omicrons utbredda smitta har man behövt vĂ€rdera om man kan korta karantĂ€n-/isoleringstiden ytterligare, sĂ„som CDC och nyligen FolkhĂ€slomyndigheten gjorde, I Sverige kortades nyligen denna tid till 5 dagar, inklusive en sen tidigare 48 timmars feberfri period pĂ„ slutet.
CDC kortade ner perioden till 5 dagars isolering/karantĂ€n â för vissa subgrupper â i slutet av december. Detta gjordes framförallt för att kunna minimera samhĂ€llspĂ„verkan utifrĂ„n utbredd möjlig samtidig frĂ„nvaro av vissa essentiella yrkeskategorier. DĂ€remot omfattades de som t.ex. nyligen fĂ„tt en 2:a mRNA-vaccindos, eller en boosterdos inte av karantĂ€n efter en exponering för nĂ„gon smittad (men de skulle Ă€ndĂ„ bara munskydd i 10 dagar).
Den mer sÀkra riktlinje som diskuterats vad avser testning, har varit tvÄ negativa tester inom 24 timmar. CDC har som alternativ ett negativt antigentest efter 5 dagars karantÀn samt vid isolering. De anger ocksÄ att man kan förbÀttra sÀkerheten genom att ta tvÄ antigentest (med 24-48 timmars mellanrum). För övrigt anger t.ex. hÀr CDC att man vid negativt test efter 5 dagars karantÀn eller isolering, fortfarande ska bÀra en vÀlfungerande mask/andningsskydd, tills 10 dagar har gÄtt frÄn insjuknandet (masker, och numera Àn mer andningsskydd av typen N95, anvÀnds fortfarande brett i mÄnga delar av USA, framförallt inomhus men Àven utomhus i kalla delar/tider).
- PÄ denna punkt tycks dÀrtill allt fler sjukhus landa i att man t.ex. vid vÄrd av COVID-19-patienter ska krÀva minst FFP2 (eller FFP3)-andningsskydd. T.ex. har man nyligen Àndrat till FFP3-krav i Storbritannien vid t.ex. vÄrd av misstÀnka COVID-19-patienter, dÄ man ocksÄ anger att SARS-CoV-2 smittas till hög grad via den luftburna vÀgen.
DÀremot Àr det Ànnu okÀnt hur virusnivÄerna för Omicronvarianten ser ut i relation till tiden före symptomdebut. Som jag har beskrivit tidigare har man sen tidigt under 2020 funnit att virusnivÄerna Àr högst precis före (eller precis vid) symptomdebut. Se t.ex. denna studie av He et al. i Nature Medicine (april 2020; sammanfattad tillsammans med annan liknande studiedata hÀr samt hÀr).
T.ex. har flera studier funnit högst virusnivĂ„er strax före symptomdebut. I sammanhanget har dĂ€rtill den tidigare dominanta Delta-varianten berĂ€knats ge Ă€n mer presymptomatisk smitta (högst virusmĂ€ngd ~2 dagar före symptomdebut; ~74% presymptomatisk smitta â denna andel varierar givetvis beroende pĂ„ en rad betingelser).
Att Delta liksom tidigare varianter medförde hög andel presymptomatisk smitta, stöds Àven av följande studie av Zhang et al. (2021), som berÀknat att ~65% av smittan sker presymptomatiskt.
Nedan data frÄn japanska National Institute of Infectious Diseases, som visar att i relation till symptomdebut, var virusnivÄerna som högst efter 3-6 dagar, vid en Omicroninfektion och mÀtt med PCR:
Med vÀnliga hÀlsningar,
Jonathan Cedernaes
Leg. lÀkare, Ph.D., Docent i medicinsk cellbiologi