Menu Close

Category: B.1.1.7

Det gynnsamma immunologiska svaret på COVID-19-vaccinen hos de som tidigare har haft COVID-19

I detta inlägg börjar jag med en sammanfattning först, för att sen beskriva studiedetaljer på en mer detaljerad nivå.
 
Flera studier visar att en första dos av vaccinen ger ett påtagligt antikroppssvar vid tidigare SARS-CoV-2-infektion (punkt 1-2 nedan). Ny data visar dock att den andra dosen kan vara särskilt värdefull mot varianter som sänker effekten av antikroppar, såsom Beta (och därmed sannolikt ev. Delta, enligt samma princip; punkt 2).
 
Detta stöds även av en tidigare studie som visar att de med tidigare SARS-CoV-2-infektion uppvisar sämre antikroppsmedierad neutralisering av bl.a. varianten Delta (punkt 5). Vaccinering av dessa tidigare infekterade individer gav däremot en klart mätbar neutraliseringsnivå – dvs. skyddet tycktes förbättras avsevärt. Nyare data från Kentucky i USA visar också att de med tidigare COVID-19 som förblir ovaccinerade, har en signifikant högre risk för reinfektion jämfört med de som har fått en full vaccinationsserie (tråd här).
 
I enlighet med detta visar en ny preprintstudie att de som vaccinerats och sen får COVID-19 – dvs. omvänd ordning jämfört med ovanstående observationer – också får påtagligt förhöjda antikroppsnivåer mot t.ex. Beta-varianten (punkt 3 nedan).
 
Till detta kan tilläggas att tidigare studier har visat att det finns en variabilitet i det immunologiska skyddet efter COVID-19, som jag även har sammanfattat utifrån en omfattande studie, i en tråd här. Denna variabla immunitet efter COVID-19 lyfter även Folkhälsomyndigheten, och amerikanska smittskyddsmyndigheten CDC rekommenderar också att de med tidigare COVID-19 ska vaccinera sig.
 
Två andra preprintstudier från Israel tyder på att de som vaccinerades tidigt i vaccinationskampanjen (dvs. tidigt 2021) har högre risk för infektion med Delta-varianten nu – Israel är ett av de länder som kommit långt med att ge extradoser vaccin (hittills till utvalda grupper, t.ex. över 60 år) (se punkt 4 nedan). Huruvida detta verkligen rör sig om avtagande immunitet har dock ifrågasatts – skyddet som fullbordad vaccination ger mot svår COVID-19 tycks oavsett vara relativt välbevarat även mot Delta-varianten.
 
Att Delta kan anses vara bekymmersam både för de med tidigare COVID-19 och med vaccinering, stöds av:
In vitro-baserade studier av t.ex. immunologiska parametrar stämmer inte nödvändigtvis överens med det som ses när kroppen reagerar på infektioner (såsom SARS-CoV-2) ute i samhället.
 
Ett exempel är för beta-varianten (B.1.351), där lab-baserade analyser (se sammanställning här) tydde på en ganska markant försämring av det vaccinmedierade skyddet, men där skyddet vaccin faktiskt gav tycks vara bättre (se sammanställningarna här och här). Detta kan delvis även bero på ett T-cellsmedierat skydd (som sällan uppskattas i in vitro-baserade studier).
 
Frågan är därmed om det finns in vitro-baserade korrelat – särskilt då just på den ofta mätta antikroppssidan – som kan förutsäga nivån av skydd som ett vaccin kan ge.
 
Nyligen publicerade studier och preprintdata tyder mycket riktigt på att högre nivåer av  antikroppar korrelerar med högre skyddsnivå mot olika former av SARS-CoV-2-infektion (COVID-19) (se punkt 6 nedan). Nivåer av antikroppar mot SARS-CoV-2 ökar enligt vad som beskrivs ovan markant vid vaccinering hos de med tidigare COVID-19. Därmed blir detta korrelat för skydd betydligt bättre efter vaccinering även hos de med tidigare COVID-19. Ett skydd som annars (utan vaccinering) enligt ovan, och nedanstående mer detaljerade beskrivningar, kan vara otillräckligt mot t.ex. Delta-varianten.
 
Nedan följer utförligare studiebeskrivningar av ovan beskrivna text. Den avslutande delen under punkt 7 innehåller ytterligare lite länkar till vad som är delvis relevant material.
 
Först en bild: Denna utgör en del av de studieresultat (Gobbi et al.) som tydligt visar hur pass mycket nivåer av antikroppar mot virusets receptordomän stiger hos de med tidigare SARS-CoV-2-infektion, redan när de får en vaccindos. Men enligt ovan (och som beskrivs ytterligare i inlägget) ger den andra dosen dokumenterade fördelar även för de med tidigare COVID-19.
Gobbi et al., Viruses 2021

1. Tidigare SARS-CoV-2-infektion ger ett mer påtagligt svar på första vaccindosen

Flera tidigare studier har visat att vaccinen vid tidigare COVID-19 ger en god effekt redan efter en dos vaccin (och en del har därför argumenterat för att det kan vara tillräckligt). Dessa diskussioner har alltså givetvis enbart gällt de som man med säkerhet vet har infekterats med SARS-CoV-2 tidigare.
  • En tidigare studie i Science av Reynolds et al visar god effekt både på T- och B-cellssidan vid en enskild vaccindos hos de med tidigare SARS-CoV-2-infektion. Effekten var påtagligare på antikroppssidan (140 gånger ökning av RBD-antikroppar, 63 gånger ökning av antikroppsutsöndrande celler) jämfört med T-cellssidan (fyrfaldig ökning).
  • Studien av Reynolds et al. visade också att antikroppstitrarna var betydligt högre mot varianterna B.1.1.7 (alpha) och B.1.351 (beta) hos de med tidigare COVID-19 som också hade fått en vaccindos (delta ej undersökt) (se figur 2A i deras artikel, samt skärmdumpen nedan).
  • I frånvaro av tidigare COVID-19 är det i stället boosterdosen som ger ett markant T-cellssvar, som är interferon-inriktat. Detta utifrån en relativt ny singelcells-analys efter en och två vaccindoser (kort sammanfattning här, studien i Nature här)
  • Än fler studier finns – inte oväntat för de som görs för vaccin – på antikroppssidan: Där ser man också att den andra dosen hos tidigare SARS-CoV-2-infekterade ger ett svar som är likvärdigt (och i många fall till synes bättre) än det som ses hos tidigare oexponerade individer som erhållit två doser. T.ex. Gobbi et al. visade att 7 dagar efter dos 1, så har de med tidigare SARS-CoV-2-infektion lika höga antikroppsnivåer som oexponerade individer har 7 dagar efter dos 2
  • Anichini et al. rapporterade nyligen flera intressanta fynd i New England Journal of Medicine:
    • Nivåer av anti-Spike IgG var likartade mellan de med tidigare SARSCoV2-infektion som vaccinerats med en dos (~20,120 AU/mL) och oexponerade som vaccinerats med två doser (~22,639 AU/mL). Dvs. vid säkerställd COVID-19 var en dos i princip återigen minst lika bra som två doser (utifrån dessa analyser).
    • Två intressanta skillnader var a) här för neutraliserande antikroppar, där de med tidigare SARSCoV2-infektion som vaccinerats med en dos hade en titer på ~569, jämfört med ~118 för oexponerade som fått bägge doser. Därtill såg de
    • b) en viss antydan till att längre intervall mellan COVID-19 och vaccindos ett gav ett bättre neutraliserande antikroppssvar (~437 vid 1-2 mån intervall, till ~694 >3 mån intervall).
    • Denna studie byggde på 100 sjukvårdsarbetare, varav 38 hade haft COVID-19.
  • I Nature Medicine rapporterade Ebinger et al. om hur 35 sjukvårdsarbetare med tidigare SARSCoV2-infektion uppvisade ett liknande antikroppssvar (anti-S-RBD) som 228 icke-exponerade sjukvårdsarbetare som fått två doser av Pfizers vaccin. De fann även detta med en annan metod (inhibering av ACE2-inbindning) som korrelerar väl med anti-S-RBD-analysen.
  • Liksom en tidigare studie av Krammer et al. i NEJM (som jag beskrivit tidigare här) fann Ebinger et al att biverkningarna var mer påtagliga efter dos ett hos de med tidigare SARSCoV2-infektion. Det stämmer även med den meta-analys som jag beskrivit tidigare (se sammanfattningen här).
  • På antikroppssidan hade Krammer et al. en tidsmässigt högupplöst studie av hur fort de med med tidigare SARSCoV2-infektion utvecklade höga nivåer av antikroppar efter en första vaccindos. Medan de tidigare oexponerade med fortfarande hade runt en AUC ~440 dag 9-12, så hade de med tidigare SARSCoV2-infektion en nivå på ~20800 samma antal dagar efter första vaccindosen. Sammantaget sågs 10-45 gånger högre vaccintitrar efter vaccinering hos de med kontra utan tidigare SARSCoV2-infektion.
Ovanstående analyser har ffa. inriktat sig på antikroppssidan, medan en av studierna ovan tydligt visar att det är den andra dosen som ger tydliga T-cellseffekter. Författarna spekulerar kring att det är svårt att veta betydelsen av den andra dosen för det T-cellsberoende skyddet, vid tidigare SARS-CoV-2-infektion, samt hur långvarigt påtagligt förhöjda nivåer av antikroppar ses vid kombinationen tidigare SARS-CoV-2-infektion och vaccinering (t.ex. ses hos vissa efter COVID-19 en snabbare nedgång än hos andra. Kanske gäller även en sådan variabilitet vid vaccinering efter tidigare COVID-19).
 
I enlighet med detta tyder också viss data (dock ej konklusivt) på att de med tidigare COVID-19 kanske får något bättre neutraliserande antikroppssvar om de väntar lite längre på vaccin. Men samtidigt tycks den effekten så marginell (forskarna kunde här inte värdera den säkert statistiskt) – och effekten av en första dos så otroligt påtaglig hos de med tidigare SARS-CoV-2-infektion – att det givetvis är bättre att få en första dos vaccin än att invänta denna (förmodade) effekt av immuncellsmognad (se panel 1D här) vid tidigare infektion med SARS-CoV-2.
 

1.1. Om man i stället studerar immuniteten över tid efter genomgången COVID-19 / SARS-CoV-2-infektion tycks det – som även sammanfattades överst i detta inlägg – att den ofta är variabel, delvis beroende på infektionens/sjukdomens svårighetsgrad.

En relevant punkt i detta sammanhang är att jämfört med genomgången COVID-19 har nivåerna av antikroppar ofta rapporterats vara högre (eller i det övre intervallet) efter COVID-19-vaccinering jämfört med efter infektionen (uppdatering: Detta stöds även av en ny omfattande preprintanalys av Israel et al.). Detta tycks särskilt vara fallet med mRNA-vaccin som Moderna och Pfizer, samt särskilt i jämförelse med mild och asymptomatisk COVID-19.

1.2. Bland de med tidigare SARS-CoV-2-infektion tycks en betydande andel faktiskt inte alls har en särskild god utveckling eller bibehållande av antikroppar (antikroppskinetik) med tiden. Det vill säga att en stor andel uppvisar antingen ett uteblivet svar tidigt, eller får senare en kraftig nedgång i de antikroppar som vi nu i princip vet (enligt punkt 6 nedan) är ett korrelat för nivån på skyddet mot [re]infektion med COVID-19 (utifrån denna, denna, denna och denna studie).

1.3. Utöver att öka antikroppsnivåerna mycket påtagligt — ett korrelat för skydd mot COVID-19, även mot infektion sannolikt genom att t.ex. cirkulera i höga nivåer i slemhinnorna — så ger vaccinen bredare antikroppsepitop i Spikeproteinet. Det vill säga vaccinen täcker fler regioner av möjliga mål för antikropparna att binda in mot. Detta alltså för just för de regioner som vi redan vet har muterat mycket, dvs. i det så kallade Spike-proteinet och dess RBD-region (Spike-proteinet är det virusprotein i SARS-CoV-2 som binder till våra celler). Detta utifrån en relativt ny studie i Science Translational Medicine.

Sammantaget tycks kombinationen av genomgången SARS-CoV-2-infektion (tidigare COVID-19) och vaccinering ge bättre immunologiskt skydd mot framtida eventuella reinfektioner (som många lär riskera, utifrån mycket hög uppskattad smittsamhet för Delta-varianten). En bättre immunitet vid denna kombination “infektion+vaccin” stöds även indirekt från evidensen som tas upp ovan, från separata studier (enligt punkt 1.1-1.3).

Nyare data från Kentucky i USA stödjer också denna tes, utifrån en analys av data för reinfektioner under perioden maj-juni 2021. CDC-forskare fann att de med tidigare COVID-19 som förblir ovaccinerade, hade en signifikant högre risk för reinfektion jämfört med de som har fått en full vaccinationsserie (tråd här). Detta utifrån fall och kontroller som hade matchats för ålder, kön och tid för den initiala infektionen. Därtill inträffade den initiala infektionen (framförallt okt-dec 2020) bara några månader innan den senare reinfektionen, en faktor som gör gällande att vaccination även kan ge fördelar inom månader efter genomången COVID-19.
 
Som jag nämnt i beskrivningen överst – och även diskuterar under punkt 5 – tycks Delta därtill öka risken för reinfektion hos de med tidigare SARS-CoV-2-infektion. Eventuellt har denna risk ökat genom högre de högre virusnivåer och därmed exponeringsrisk som Delta medför, som även förvärras av högre grad av presymptomatisk smitta enligt en ny preprintstudie. Därmed föreligger ytterligare stöd för att vaccinering kan vara fördelaktigt för den grupp av individer som tidigare har haft COVID-19.
 
Nedan visas en screenshot från figur 2A från Reynolds et al. (Science 2021), där man ser hur individer med tidigare SARS-CoV-2-infektion – som också har vaccinerats – får betydligt bättre neutralisering av två varianter av SARS-CoV-2 (högra kolumnen för B.1.1.7 (alpha) och B.1.351 (beta)).
Figure 2A. Reynolds Science 2021 DOI:10.1126/science.abh1282

2. Andra dosen av vaccin förbättrar särskilt skyddet mot variants of concern även hos de med tidigare SARS-CoV-2-infektion

I en ny studie i Science Translational Medicine av Urbanowicz et al., studerade de skyddet mot vildtyps-SARS-CoV-2 (lineage A), B.1, samt varianterna B.1.351 (beta) och P.1 (gamma). Som andra också har visat, kunde forskarna observera att en första vaccindos vid tidigare SARS-CoV-2-infektion gav ett skydd som var likvärdigt (in vitro) med det som icke-exponerade uppvisade efter två vaccindoser (se även rubriken ovan för flera sådana studier). Vid tidigare SARS-CoV-2-infektion gav vaccination även en bättre inbindning mot två viktiga virusregioner, S1 och RBD (högre grad av inbindning vid mer utspätt serum).
 
B.1.351 (beta, den “sydafrikanska varianten”) var tidigare den variant som de flesta oroade sig för gällande vaccinen, då den uppvisade den största minskningen av det in vitro-baserade skyddet. En oroande aspekt var att vaccinering med AstraZenecas COVID-19-vaccin (ChAdOx1 nCoV-19) inte tycktes ge något signifikant skydd mot mild-måttlig COVID-19 orsakad av beta-varianten (punkt 5 i denna sammanställning). Detta enligt en första mindre studie där spridningen i Sydafrika dominerades av varianten. Men skyddet tycks i senare preprint ev. relativt välbevarat (punkt 3 i denna sammanställning).
  • I den nya studien av Urbanowicz et al., visar forskarna att även hos de med tidigare SARS-CoV-2-infektion så sågs en betydande in vitro-baserad förbättring i skyddet mot Beta-varianten från den andra dosen: I denna grupp ökade den neutraliserande antikroppsnivån (titern) från 1:60 till 1:300 efter boosterdosen (högre värde är bättre i en sådan spädningsbaserad analys).
  • Denna observation skiljer sig dock jämfört andra fynd, som för de med genomgången COVID-19 inte har funnit en avsevärd ökning av immuniteten (in vitro-baserad) från den andra dosen. Alla sådana studier har dock inte studerat skillnader som varianter kan orsaka, exempelvis en variant som Beta, vilken man vet att (nuvarande) vaccinens verkan är sämre mot. Reynolds et al. (se punkt 1 ovan) studerade dock B.1.351 och såg inga ytterligare fördelar med en andra dos vaccin för de med tidigare COVID-19.
  • Huvudlinjen med studien av Urbanowicz et al. – liksom de andra studierna i denna sammanställning kan argumentera för – är att antalet exponeringar för ett antigen ökar förmågan att effektivt neutralisera det och ev. variationer av samma antigen från samma virus (här givetvis SARS-CoV-2). Detta visar Urbanowicz et al. även är fallet mot varianten P.1, där de kunde se att de med tidigare SARS-CoV-2-infektion som vaccinerats med två vaccindoser hade signifikant bättre neutralisering av varianten än de icke-exponerade som erhållit två vaccindoser (se skärmdump från Figur 3 nedan).
  • Intressant nog tyder därtill en del av resultaten att de med tidigare SARS-CoV-2-infektion har ett sämre skydd mot varianten beta (B.1.351) jämfört med fullvaccinerade, tills de har erhållit bägge doser (se Figur 1C sedan).
  • Att den andra dosen överlag ger en avsevärd förbättring i skyddet mot COVID-19, för majoriteten icke-tidigare infekterade individer, finns beskrivet i flera av mina tidigare sammanställningar (se t.ex. här och här). Enligt en nyare studie i Nature (läs gärna min tråd här), ger den andra dosen även en påtaglig inducering av det viktiga T-cellsbaserade skyddet, hos de som tidigare inte har haft COVID-19. Detta sker genom en mycket potent aktivering av antivirala signalvägar (interferon) i denna del av det så kallade adaptiva/specifika immunförsvaret.
Skärmdump nedan från Figur 3 av Urbanowicz et al:s artikel:
Figure 3. Urbanowicz et al. Science Translational Medicine 2021 DOI: 10.1126/scitranslmed.abj0847

3. COVID-19 efter vaccinering tycks också förbättra det antikroppsbaserade skyddet mot COVID-19

Omvänt finns det nu även preliminär evidens för det man också kunde anta: Att kombinationen infektion och vaccin även ger additiv skyddseffekt när det är a) vaccin som följs av b) en SARS-CoV-2-infektion (kontra tvärtom enligt ovan).
  • I studien presenteras data från 13 som fått två doser vaccin och sen smittades med SARS-CoV-2. De jämfördes med elva något yngre (~82.6 kontra ~85.3 ¨¨¨¨¨¨¨¨år gamla) individer som “bara” hade fått två vaccindoser.
  • Som ses i figur 2 (screenshot nedan) hade de flesta av de icke-infekterade individerna, bland dessa äldre, knappt någon neutralisering av varianterna alpha (B.1.1.7) och beta (B.1.351).
  • De individer som vaccinerats men som också hade smittats med SARS-CoV-2, hade däremot klart mätbara titrar (~640 mot alpha; ~160 mot beta). Anti-Spike IgG var även betydligt högre hos dessa (~6930 kontra ~270)
Figure 2 Müller et al. medRxiv. 2021 DOI:10.1101/2021.07.19.21260563

4. Lång tid från fullbordad vaccinationsserie kan öka risken för infektion med delta – länder överväger eller ger extradoser

Apropå antal exponeringar för SARS-CoV-2-antigen så har nu flera länder börjat inleda kampanjer för att vaccinera befolkningen med en tredje dos (utöver de immunsupprimerade grupperna). I Israel började man vaccinera de 60+ och immunsupprimerade, och kunde på runt 4 dagar nå över 20% av målgruppen. Ev. syns redan nu (två veckor senare) en accentuerad smittreducerande verkan bland de vaccinerade, i just gruppen 60+.
  • Detta samtidigt som två preprintstudier (även den andra från Israel) indikerar att de som vaccinerades först i år har sämre skydd mot delta än de som vaccinerades senare:
  • I studien av Mizrahi et al., fann de att de som hade vaccinerats i januari-februari – jämfört med mars-april – hade över 50% högre risk för en infektion med Delta-varianten, och detta oavsett ålder. Detta var i en analys som hade justerats för komorbiditeter (t.ex. med tanke på vaccinprioriteringar som förelåg tidigt i pandemin).
  • Skillnad i risk var ännu högre när de som vaccinerats i januari jämfördes med de som vaccinerats i april: 126% högre risk för en infektion med Delta-varianten trots vaccinering för den tidigare kontra senare gruppen.
  • I den andra preprintstudien av Israel [sic!] et al., fann de att odds-ratiot var 3 gånger högre för SARS-CoV-2-infektion hos de över 60 år som hade vaccinerats för mer än 146 dagar sen, jämfört med de som hade vaccinerats mer nyligen. De såg även sådana signifikanta riskökningar för grupperna 40-59 (odds ratio 2.29) och 18-39 år (odds ratio 1.74). Skillnaden ses även i skärmdumpen av preprintstudiens tabell 3 nedan. För övrigt var 93% av infektionerna de observerade – enligt urvald sekvensering – just Delta-varianten, liksom i studien ovan av Mizrahi et al.
  • Dessa preprintdata har lagts upp samtidigt som ny, mer slumpmässigt insamlad, preliminär brittisk data, tyder på att de i Storbritannien använda vaccinen har än sämre skydd mot symptomatisk (~60%) och asymptomatisk (~50%) COVID-19 orsakad av Delta-varianten. i Storbritannien används framförallt AstraZeneca adenovirusvektor-vaccin och Pfizers mRNA-vaccin.
  • En del av dessa nyare brittiska data (från REACT1-studien) kan rimligtvis också spekuleras åtminstone delvis bero på lägre antikroppsnivåer hos de som vaccinerades först (Storbritannien började liksom Israel också sin vaccinationskampanj snabbt och tidigt).
Andra länder förbereder också liksom Israel för mer generell administrering av extradoser (dvs. en tredje dos i de som fått tvådosvaccin). Detta inkluderar även USA (se även tråd här).
 
Att data skulle tala för avtagande vaccinmedierat skydd mot svår sjukdom orsakad av Delta-varianten ifrågasätts av vissa – mer data efterfrågas.  Men observationen att det kan finnas avtagande vaccinmedierat skydd mot infektion i sig (med Delta-varianten) tycks även synas i åldersstratifierad data.
 
Vad som verkar vara en avtagande effekt mot svår sjukdom kan röra sig om hur åldersindelningen ser ut i analysen (yngre som drabbas mindre av COVID-19 är i högre grad de som förblir ovaccinerade, därtill kan utbrott i vissa grupper ge skeva effekter, samt att de mer försiktiga också är mer villiga att vaccinera sig med en tredje boosterdos). Oavsett så tycks skyddet som fullbordad vaccination ger mot svår COVID-19 enligt flera analyser vara relativt välbevarat även mot Delta-varianten.
Table 3. Israel et al., medRxiv, 2021 DOI: 10.1101/2021.08.03.21261496

5. Delta tycks öka återinfektionsrisken för de med tidigare COVID-19

Enligt ovan beskrivning (punkt 4) kan effekten mot skyddet som vaccin ger avta över tid – åtminstone mot icke-allvarlig COVID-19 orsakad av en nyare variant som delta (enligt mina tidigare sammanställningar ger vaccinen gott skydd åtminstone i närtid mot allvarlig COVID-19 orsakad av Delta-varianten).

Nyligen släppt preliminär observationsdata (från Public Health England) speglar på sätt och vis samma fenomen hos de med tidigare COVID-19. I analysen finner forskarna att de med tidigare SARS-CoV-2-infektion hade nära 50% högre risk för reinfektion med delta (B.1.617.2) kontra med den tidigare dominerande varianten, alpha (B.1.1.7; tidigare kallad den “Brittiska”, eller “Kent”-varianten).

  • Forskarna delade även in deltagarna utifrån tid sen vaccinationen: Den förhöjda risken för reinfektion med Delta-varianten sågs vid COVID-19 som inträffat mer än 180 dagar sen, vid denna gräns var risken nära 140% högre (sida 35 i rapporten länkad ovan). Detta är förenligt med liknande mekanismer hos de som vaccinerats en längre jämfört med kortare tid sen (enligt punkt 4 ovan).

Samtidigt finns det viss in vitro-baserad data som indikerar ⁠att varianten Delta-varianten inte reducerar neutraliseringsförmågan av antikroppar efter genomgången COVID-19. Dock tycks alltså datan från Public Health England tyda på förhöjd reinfektionsrisk med Delta-varianten. Samstämmigt med denna data finns det sen tidigare en annan in vitro-baserad studie, av Planas et al. i Nature. De finner att Delta-varianten orsakar en fyrfaldig reduktion i antikroppsaktiviteten, hos individer med genomgången COVID-19.

Liknande resultat – det vill säga försämrad neutralisering av Delta-varianten hos de som tidigare haft COVID-19 – har Liu et al. beskrivit i Cell, samt och Edara et al. i New England Journal of Medicine.

Samtidigt visar studien av Planas et al. i Nature, att de med genomgången COVID-19 som sen vaccinerades, hade en påtagligt förbättrad neutralisering av samtliga testade varianter, dvs. Alpha, Beta och just även Delta (se högra jämfört med vänstra gruppen i panel A i skärmdumpen nedan). Dessa individer vaccinerades som syns nedan med med Pfizer eller AstraZeneca – den förbättrade immunologiska effekten syntes därmed oberoende av vaccin.

Datan som talar för avtagande reellt skydd över tid mot varianten Delta, hos de med genomgången COVID-19, kan därmed också sägas tala för vikten av att vaccinera denna grupp.

Figure 2. Planas et al. Nature 2021 DOI:10.1038/s41586-021-03777-9

6. Korrelat för skydd mot infektion – talar ytterligare för fördelar med vaccinering även vid tidigare COVID-19

Tidigare har man helt saknat en beprövad metod för att kunna översätta nivåer av immunologiska parametrar (såsom nivåer av antikroppar) till en faktisk nivå av skydd mot infektion med SARS-CoV-2 eller olika former av själva sjukdomen COVID-19. Detta har man nu kommit närmare i några studier och preprintanalyser.

För det första har man nyligen i tidskriften Vaccine tittat på de olika vaccinstudierna och funnit korrelat mellan antikroppsnivåerna (för olika vaccin) och skyddet som studierna fann (och då mellan olika geografiska platser, så tycks som ett ganska robust fynd)

För någon månad sen kom en annan studie i Nature Medicine, där forskarna kunde etablera ett mått på vilken nivå av neutraliserande antikroppar som kan motsvara ett faktiskt skydd mot infektion med SARS-CoV-2 (20% av medel-titernivån), samt svår COVID-19 (3% av medel-titernivån, dvs. man behöver högre nivåer av antikroppar för skydd mot infektion än mot svår sjukdom).

De kunde i studien även liksom i andra analyser se att antikroppsnivåerna går ner med tiden efter vaccination – ett förväntat fenomen, beskrivs i t.ex. denna Review. Detta spelar sannolikt även roll för en nedgång över tid för skyddet mot just infektion (t.ex. asymptomatisk infektion) med SARS-CoV-2 i sig – till skillnad för skyddet mot svår COVID-19, som beräknas bibehållas bättre över tid (då minnesceller kan aktiveras vid re-exponering och öka t.ex. antikroppar och då begränsa virusets framfart i kroppen). En nedgång av antikroppsniverna över tid skulle därmed kunna bli en anledning till att eventuellt behöva få extra vaccindoser. Behovet och frekvensen kan givetvis moduleras utifall att eller beroende på vilka eventuella nya varianter som kan börja spridas.

Att en viss nivå av neutraliserande antikroppar är av betydelse för så kallade genombrottsfall (fall där fullvaccinerade ändå infekteras med SARS-CoV-2; “breakthrough cases”) stöds även exempelvis av en analys i New England Journal of Medicine. Där studerade de breakthrough-fall för den tidigare dominerande varianten alpha (B.1.1.7) bland fullt vaccinerade individer. De observerade att de med lägre a) vaccininducerade maxnivåer, och b) nivåer vid själva infektionstillfället, av neutraliserande antikroppar, hade en högre risk för genombrottsfall.

En annan observation från studien ovan var för övrigt just i linje med att nivån av neutraliserande antikroppar mildrar risken för vidareförd smitta sig: De noterade nämligen högre CT-värden hos de med högre nivåer av neutraliserande antikroppar vid själva infektionstillfället. Högre CT-värden vid PCR-testning motsvarar lägre virusnivåer, och sådana lägre nivåer utifrån CT-värden är en parameter som man vet korrelerar med risken att vara smittsam – även för Deltavarianten,

Därtill finns det en ganska stor preprintstudie som också tyder på att nivåer av neutraliserande antikroppar direkt korrelerar med skyddsnivån mot symptomatisk COVID-19 (här ifrån AstraZenecas studie). Det vill säga att ju högre antikroppsnivåerna var av typen IgG mot Spike-proteinet och mot RBD-delen av Spike-proteinet, desto lägre var risken för symptomatisk COVID-19 (se screenshot från figure 1A nedan). Däremot fann de inget korrelat för skyddet mot asymptomatisk infektion, utifrån nivån av sådana antikroppar.

Ovanstående typ av information (in vitro-baserade korrelat för immunitet) kan förhoppningsvis användas för att framgent (i ett första skede, tidigt) kunna beräkna den förmodade skyddseffekten av vaccin, innan man får fram efficacy data. Detta kan t.ex. gälla uppdateringar av COVID-19-vaccinen. Fynden representerar bara estimat för skyddseffekten och utgör ingen definitiv gräns för när man absolut kan räkna med skydd eller frånvaro av skydd ute i samhället.

Liksom man kunde läsa ovan (enligt punkt 4 ovan), kan skyddet därtill gå ner över tid. Detta är ytterligare en anledning till varför sådana beräkningar utifrån antikroppsnivåer bara kan användas för speciella ändamål – potentiellt många variabler måste tas med i beräkningarna. En variabel är t.ex. vilken variant man undersöker mot: I preprintanalysen ovan för AstraZenecas vaccin gällde det alpha (B.1.1.7). Resultaten kan därmed sannolikt skilja sig t.ex. avseende korrelat för skydd mot Delta-varianten.

Figure 1A. Feng et al. medRxiv. 2021 DOI. 10.1101-2021.06.21.21258528

7. Andra relaterade länkar om bland annat boosterdoser och heterolog prime-boosting:

  • I USA förbereder man sig för att ge en 3:e boosterdos till fullvaccinerade individer. Detta bl.a. utifrån data som beskrivs ovan (dvs. att längre tid sen vaccinering skyddar sämre). Läs gärna mer om detta i denna tråd. Som noterat på övriga delar i detta blogginlägg, tycks skyddet som fullbordad vaccination ger mot svår COVID-19 orsakad av Delta-varianten, vara relativt välbevarat (se gärna även mina tidigare inlägg).
  • En anledning för varför vissa länder kanske ser sämre vaccinmedierad skyddseffekt mot genombrottsinfektioner orsakade av Delta-varianten, och därmed kan ha ett större behov av boosterdoser för att motverka spridning av Delta-varianten, är att de valde ett kortare intervall mellan dos 1 och 2. Detta intervall var emellertid i enlighet med de ursprungliga fas 3-studierna och fungerade för länder med god tillgång till doser (såsom USA och Israel).
  • Ett längre dosintervall tycks dock gynna nivåerna av antikroppar, exempelvis upp till en faktor två enligt en preprintstudie. En annan preprintstudie fann dock ingen skillnad utifrån skillnader i dosintervall, men där kan jämförelsen vara missvisande, då enbart ≥9 och ≤9 veckor intervall jämfördes (kontra USA:s och Israels utbredda användning av framförallt 3-4 veckor dosintervall).
  • En låg risk för myokardit som oftast är mild och självbegränsande, har beskrivits för yngre, framförallt unga män efter vaccinering med mRNA-vaccinen mot COVID-19. Risken för sådan vaccinrelaterad myokardit är dock enligt nyare analyser betydligt lägre än risken för myokardit efter COVID-19 hos tonåringar, eller för risken för sjukhuskrävande COVID-19. Se gärna min korta sammanställning här.
    • Därtill talar mycket preliminära data för att Delta-varianten ökar risken för sjukhuskrävande COVID-19 hos barn. Om bekräftat skulle det stämma med data för vuxna och skulle med största sannolikhet i så fall skifta denna risk-nyttaanalys ytterligare, mot nyttan av vaccinering av barn.
  • Ytterligare data (nu publicerat i the Lancet Respiratory Medicine) talar för att heterolog prime-boost-vaccinering (där man ger olika vaccin för dos 1 kontra 2) är fördelaktigt. Åtminstone in vitro (i labet) gav heterolog vaccinering enligt den nya studien bättre effekt mot varianten beta av SARS-CoV-2. Här gavs AstraZeneca och Pfizer-BioNTechs vaccin i följd, och jämfördes mot två doser av respektive samma vaccinsort.
  • Gällande beslutet att ge en boosterdos till fullvaccinerade, har WHO uppmanat länderna att avvakta, då många fattigare länder ännu inte har kunnat vaccinerat sina befolkningar ens med en förstados. Liknande uppmaningar har hörts även från forskare, avseende att ge en andra dos till de med tidigare COVID-19 – utifrån att de redan av en första dos får bra skydd (om man just med säkerhet vet att de tidigare har haft COVID-19). Dock kan den andra dosen, enligt data som presenteras ovan (punkt 2), eventuellt ge fördelar mot nu välspridda varianter såsom Delta.
  • Som jag har beskrivit tidigare så tycks de med tidigare COVID-19 generellt sett få högre frekvens av biverkningar vid vaccination mot COVID-19. Dessa biverkningar är dock oftast övergående och hör till det normala spektrat av förväntade biverkningar efter vaccination. Risken för vissa allvarligare biverkningar som eventuellt kan kopplas till vaccinen, är därmed (liksom för fallet med myokardit hos ungdomar ovan), betydligt lägre än risken för motsvarande sjukdomshändelse efter att ha drabbats av COVID-19.

Med vänliga hälsningar,

Jonathan Cedernaes

Leg. läkare, PhD och senior forskare

 

Vaccinen tycks ha relativt bevarad effekt mot SARS-CoV-2-varianten B.1.617.2

Preliminär vaccin effectiveness-data finns nu för den välspridda varianten B.1.617.2, som först identifierades i Indien. Den nya datan gäller AstraZenecas och Pfizers vaccin.
 
Efter en dos ses en mer påtaglig minskning (nära 20% i absolut minskning), medan minskningen är ganska beskedlig efter två doser, med några absoluta procentenheter. Det senare hade också hade antytts av preliminär in vitro-baserad data, för den närbesläktade varianten B.1.617.
 
Mer information under punkt 1 och 2:
 

1. Vaccin-medierat skydd mot B.1.617.2 förefaller relativt bevarat efter två doser – men påtagligt sänkt efter enbart en dos

I den nya preprint-analysen från Public Health England har de använt en så kallad test negative case control (TNCC)-design för att undersöka skyddet från vaccin mot B.1.1.7 och B.1.617.2. Man har då som kontroll de som söker vård för symptom men som testar negativa (och därmed för olika tendenser i att söka vård och testa sig) (se även denna i BMJ).
 
Föga förvånande, i och med sannolika ursprunget i Indien, hade något fler som smittats av varianten B.1.617.2, resekoppling (se tabell 1). Man ser också tydligt hur förekomsten snabbt ökade över tid (se översta delen i figuren nedan), medan den samtidigt minskade över tid för varianten B.1.1.7. Denna variant kan för övrigt enligt preliminär data öka risken för sekundärsmitta, ~50% (intervall 40-70%), och detta jämfört med den redan mer smittsamma varianten B.1.1.7, enligt preliminär data.
 
A. Vaccinmedierat skydd mot B.1.617.2
Efter enbart en förstados (dvs. ofullständigt skydd), gällande vaccinens skydd mot B.1.617.2, visar datan väsentligen avseende skyddet mot symptomatisk COVID-19:
  • Skyddet minskar från ~49-51% mot B.1.1.7 för AstraZeneca och Pfizer, till ~33-34% mot B.1.617. Här beräknades endos-medierade skyddet ≥21 dagar räknat från dos 1.
  • Skyddet efter en dos är dock ofta variabelt i studie. Detta beror sannolikt på flera faktorer såsom vilken tidsperiod (antal dagar) efter första dosen man tittar på (här är därtill t.ex. bakgrundspopulationen sannolikt en tidigare högexponerad grupp, där många i Storbritannien tidigare har haft COVID-19).
Gällande vaccinens skydd efter två doser mot B.1.617.2, visar datan avseende skyddet mot symptomatisk COVID-19:
  • Minskning från 66% mot B.1.1.7 för AstraZeneca, till 60% mot B.1.617. Notera att detta skydd är dokumenterat högre efter längre dosintervall, så dessa siffror är inte direkt jämförbara med nedanstående data för Pfizers vaccin (och enligt ovanstående data för skyddet efter en dos, uppvisar dessa två vaccin närmast likartat skydd / effectiveness)
  • Skyddet minskar från 93% mot B.1.1.7 för Pfizers vaccin, till 88% mot B.1.617. Konfidensintervallet för bägge vaccin överlappade gällande skyddet mot COVID-19 orsakad av respektive variant av viruset.
  • Här beräknades skyddet ≥14 dagar räknat från dos 2.
Bernal et al. PHE, 2021
 
B. Övriga aspekter med den nya analysen
Den nya preliminära datan belyser sammantaget enligt ovan också vikten av att iaktta extra försiktighet tills man har vaccinerats färdigt med två doser vaccin. Enligt amerikanska smittskyddsmyndigheten CDC är man fullt skyddad först två veckor efter den andra dosen vaccin.
 
Några begränsningar med analysen:
  • Den bygger på PCR-resultat, och därmed inte sekvensering, men resultaten för effectiveness för B.1.1.7 tycks stämma överens med tidigare siffror (t.ex. från BMJ och The Lancet). S Gene target failure (SGTF) – att ej kunna amplifiera S-genen – användes för att skilja B.1.617.2 från B.1.1.7; detta tycks rimligt utifrån att 93% av de utan SGTF var av varianten B.1.617.2 nu i maj i England)
  • Datan gällande skyddet efter två doser bygger på små siffror (se även i tabellen). Dock är som antytt ovan skyddet efter en dos mer variabelt (om man tittar på olika studier), varför datan sammantaget måste tolkas försiktigt. Varianten B.1.617.2 är därtill så ny att många individer ej har hunnits följa en längre tid, och därmed kan siffrorna ändras när mer data kommer in.
  • Det kan också finnas skillnader i vilka grupper som fått respektive vaccin. Fler sjukvårdsarbetare i yngre grupper hade fått Pfizers vaccin, medan fler kliniska riskgrupper hade fått AstraZenecas grupp (detta kan därmed ge vad som synes som fördelar för Pfizers siffror). De hade inte tillräckligt med individer för att bedöma skyddet från Modernas vaccin (men andra resultat tyder på att Pfizers och Modernas vaccin ger likartat skydd – se punkt 5 här)
 

2. Andra resultat och studier gällande varianten B.1.617:

  • De flesta studier om denna variant är ännu så kallade preprints, då varianten har identifierats och spritts relativt nyligen.
  • Utgår man från preprints får man bilden av att B.1.617 undgår vaccineffekten (se även mitt inlägg här), men in vitro-baserad data kan t.ex. visa en 9-14-faldig reduktion i neutralisering mot B.1.351, samtidigt som samhällsdata (effectiveness), nyligen visat att skyddet “enbart” är minskat till effectiveness på ~75% (enligt data från Qatar, se punkt 3 här). Datan från Qatar visar för övrigt återigen vikten av att andra dosen är särskilt viktig mot varianter av SARS-CoV-2.
  • In vitro-data inriktat just på varianten B.1.617.2 tycks saknas (till skillnad för mot B.1.617) men nu kan vi sannolikt räkna med mer effectiveness-data (dvs. skyddet mot SARS-CoV-2/COVID-19) framöver.
  • Gällande vad som är specifikt för varianterna i gruppen B.1.617, visar en annan preprint därtill att en mutation på spike i position P681R (gemensamt för alla varianter i gruppen B.1.617) ev. kan göra att viruset får högre infektivitet eller smittsamhet (preprintstudie här). Denna mutation ligger i den patogenetiska så kallade furin cleavage site” i viruset. Tar man bort denna region kan man åtminstone i djurmodeller minska patogeniciteten för viruset, samtidigt som en större mängd antikroppar behövs för neutralisering – så en komplex förändring avseende virusets inverkan på värden.
  • Det finns även en preprint-studie inriktad specifikt på AstraZenecas vaccin, där de också finner in vitro-baserat stöd för att vaccinet är effektivt mot B.1.617.1 (dvs. ej samma som .2-varianten). De ser liksom många tidigare studier att de med tidigare COVID-19, som sen fått (här AstraZenecas) vaccin, har betydligt högre nivåer av antikroppar mot viruset (här just ovannämnda variant).
  • Här länk till mitt tidigare inlägg om hur B.1.617 påverkar det in vitro-baserade skyddet från vaccinen. Den studien visade en som ovan nämnt måttlig reduktion av vaccinens effekt, men ej lika påtaglig som den orsakad av varianten B.1.351 (beta).
Med vänliga hälsningar,
Jonathan Cedernaes
Leg. läkare, PhD/senior forskare

Impact of variant B.1.617 on infection- and vaccine-induced antibody-mediated immunity

Antibodies generated by an mRNA vaccine (Pfizer’s BNT162b2) are not that adversely affected by the new Indian-identified SARS-CoV-2 variant B.1.617. The title of a new preprint may perhaps lead one to believe otherwise:
 
The title of the new preprint by Hoffmann et al. is “SARS-CoV-2 variant B.1.617 is resistant to Bamlanivimab and evades antibodies induced by infection and vaccination”, and in the discussion they claim “moderate evasion of antibodies induced by infection and Comirnaty/BNT162b2 vaccination was obtained”. As described below, there does however not seem to be a very notable degree of evasion (not more than e.g. from variant B.1.1.7), and this is supported by other studies and reports as well (see further down).
 
What the new preprints finds (note, a preprint is still not externally peer-reviewed):
  • The effect of the monoclonal antibody Bamlanivimab is adversely impacted, but that is already the case with several other variants (for such details, see my earlier overview here, and this Nature study). That’s why antibody cocktails, i.e. combinations, of monoclonal antibodies now have to be used (which anyways makes sense in order to reduce the risk of evolution of resistance against a single antibody
  • As can be seen in the preprint, once more, it is B.1.351 (the South Africa-identified variant) that is the worrying variant for vaccine-generated antibodies. But new data is shedding light on how worried we may (not) have to be about B.1.351 (see section below figure).
  • The figure below from the preprint by Hoffmann et al. shows that there is a circa 6 to 11-fold drop in neutralization activity against B.1.351, while the drop is only 2-3x against the Indian variant B.1.617 (which is an in vitro-based drop similar to that seen against variant B.1.1.7, against which we now know that Pfizer’s vaccine is highly effective; as also demonstrated by the new NEJM study described below)
Hoffmann et al. medRxiv Preprint 2021. 10.1101/2021.05.04.442663

However, vis-à-vis B.1.351 and vaccine-mediated protection, new data from Qatar in New England Journal of Medicine shows real-world data for how effective Pfizer’s mRNA vaccine is against that variant. So this means that we may not have to be worried if we are vaccinated with two full doses, and especially not against B.1.617, as this is far less troublesome for the vaccines (based on the above and below in vitro data).

The new Qatar data by Abu-Raddad et al. (2021) shows:

  • Around 72-75% against all forms of SARS-CoV-2 infections (any documented infection) caused by B.1.351, when analyzing the period ≥14 days after the 2nd dose of Pfizer’s vaccine (protection even higher against B.1.1.7: 87-90%).
  • 97.4-100% protection against severe, critical or fatal disease caused by SARS-CoV-2 variant B.1.351 (97.4% when all variants were considered; so technically even higher against B.1.351  specifically), when analyzing the period ≥14 days after the 2nd dose of Pfizer’s mRNA vaccine.

However, once more, the Qatar vaccine analysis shows how incomplete protection is after only the 1st dose of the vaccines:

  • The corresponding numbers were ~17 and (!) 0-39% protection against all and severe/critical/fatal forms of B.1.351, respectively, after a single dose of Pfizer’s vaccine.

As a side note, even India’s inactivated COVID-19 vaccine (which many would probably argue is a vaccine inferior to the mRNA vaccines, at least given that it is not proven to the same extent in published studies), seems to be able to neutralize B.1.617 quite effectively. See this preprint by Yadav et al.

Thus, at least the parental B.1.617 variant does not seem to be that worrying. The subvariant B.1.617.2 may be worrying, but it does not seem to cause severe disease when you are vaccinated, preliminary data for that comes from England with AstraZeneca’s vaccine (thread here).

Finally, unpublished in vitro studies also show that the variant B.1.617 actually has a combination of mutations (L452R+E484Q) that may make it less prone to evade vaccine antibodies (again, this is not even published, but comes from a well-known lab), see the screenshot below from that Twitter thread.

As can be seen below, the mutation E484K (which for instance occurs in variant B.1.351, but not in B.1.617, produces a far greater drop in neutralization activity, as has been demonstrated in numerous studies). Yet again, as indicated above, real-world data shows that Pfizer’s mRNA vaccine at least is effective against this variant. Pfizer’s own data also indicates such preserved protection against COVID-19 caused by SARS-CoV-2 variant B.1.351 (unpublished data announced as a press release).

GuptaR_Lab B1617 preliminary findings (unpublished)