Menu Close

Vaccin mot COVID-19 för de i åldern 5-11 – del 2

Risken för MIS-C – som är vanligast i gruppen 5-11 år efter COVID-19 – tycks minska efter vaccinering bland tonåringar. Data för de i åldern 12-18 visar att de får gott skydd mot sjukhuskrävande COVID-19 av vaccinen. Därtill tyder data efter fler än 8 miljoner givna doser, på låg risk för allvarliga biverkningar och myokardit av vaccinen, bland de i åldern 5-11 år.

Efter en kort sammanfattning följer respektive punkt (första på svenska, de senare på engelska)

  • Data publicerad i JAMA samt i CDC:s tidskrift tyder på påtagligt sänkt risk för MIS-C bland tonåringar (ålder >12) som har vaccinerats för COVID-19 i Frankrike (punkt 1-2), och en ny CDC-rapport med amerikansk data visar att enbart 0.4% av sjukhusvårdade ungdomar var fullvaccinerade, och enbart 4.4% var partiellt vaccinerade (punkt 3).
  • Enligt preliminära data för upp till 8.7 miljoner vaccinmottagare i USA, med nästan upp till nära 2 månaders observation sen åtminstone första dosen, har därtill mycket få allvarliga biverkningar inträffat. På samma sätt tycks mycket få vaccinerade barn i denna ålder ha fått myokardit (totalt 11 fall), efter att dos 1 och 2 givits (punkt 4).
    • Samtidigt styrker än mer data (bland 38 miljoner vaccinmottagare), publicerad i Nature Medicine, att bland de över åldern 16 år, var myokarditrisken i stort sett enbart förhöjd hos de under 40 år. Sammantaget är dock riskerna för myokardit högre efter infektion med SARS-CoV-2, en infektion som också avsevärt sågs öka risken för t.ex. arrytmi (>5x ökning över baseline), samt för sjukhuskrävande eller dödlig perikardit (~3.8-4-9 gånger) (se denna tråd och mitt förra inlägg för fler detaljer).
  • Avslutningsvis tyder en ny amerikansk studie på att risken för diabetes är förhöjd efter COVID-19 hos barn under 18 års ålder (punkt 5). Riskförhöjningen varierade något men sågs även jämfört med andra akuta luftvägsinfektioner (prepandemiska). Dock saknades en del variabler såsom viktstatus, som är viktiga för att närmare förstå orsakssambanden. Här finns ännu ingen data på hur denna risk påverkas vid vaccinering, men (liksom för MIS-C) tyder samtidigt annan preliminär data på att vaccinering – särskilt med två doser – minskar risken för många komplikationer som kan uppstå till följd av COVID-19

1. Vaccinering minskar risken för COVID-19-komplikationen MIS-C hos tonåringar

I den första analysen i tidskriften JAMA (20/12) av Levy et al., undersöktes risken för MIS-C (multisystem inflammatory syndrome in children) bland bland tonåringar i Frankrike under perioden september-oktober 2021. MIS-C är en komplikation som i mer ovanliga fall kan uppstå några veckor efter en infektion med SARS-CoV-2.

Alla i åldern 12-18 med MIS-C som under perioden lades in på en av deras barnintensiver (PICUs) ingick i studien. De utförde även så kallade sensitivitetsanalyser för att beakta eventuella fördröjd vaccineffekt på upp till 42 dagar efter dos 1 (dvs. upp till 2 veckor efter dos 2).

Den 31:a oktober hade 76.7% av Frankrikes 5 miljoner (4.99 M) tonåringar vaccinerats med minst en dos; 72.8% var fullvaccinerade (>95% Pfizer). Under perioden 1:a september till 31:a oktober drabbades 107 barn av MIS-C – av dessa var 33 i den åldern att de hade kunnat vaccineras (medelålder 13.7; 81% män; 88% PICU-vårdade). Inga av dessa individer var fullvaccinerade, 7 hade fått en dos (~25 dagar tidigare) och 26 var helt ovaccinerade.

Utifrån denna data fann forskarna en betydligt lägre risk (hazard ratio, HR) för att få MIS-C efter första vaccindosen jämfört med hos ovaccinerade (HR 0.09, 95%CI 0.04-0.21; P<0.001). Räknade man ≥14 dagar efter första dosen var HR 0.07; ≥28 dagar efter dos 1 var HR 0.03; ≥42 dagar efter 1:a dosen (dvs. återigen, 2 veckor efter dos 2) var HR ännu lägre på 0.04 (överlappande konfidensintervall mellan dessa sensitivitetsanalyser; se skärmdumpen nedan).

Betydligt färre vaccinerade kontra ovaccinerade barn fick alltså MIS-C i denna analys – skyddet var som nämnt signifikant i flera analyser. De ofullständigt vaccinerade barn som ändå fick MIS-C, utvecklade diagnosen i snitt ~25 dagar efter vaccinering. Efter en infektion med SARS-CoV-2 tar det i snitt lite längre (~28-35 dagar) att utveckla MIS-C. Detta tyder det på att de som ändå var vaccinerade och fick MIS-C, inte hade hunnit utvecklat ett fullgott vaccin-medierat skydd när de fick MIS-C. Att MIS-C ej sågs hos fullvaccinerade individer kan vidare enligt författarna tala för att två doser kan ge än bättre skydd.

Tyvärr saknades möjlighet att t.ex. justera för ko-morbiditeter, etnicitet eller kön. Men resultaten stämmer mycket väl med en senare analys (se punkt 2 nedan, beskriven på engelska), som publicerats i en av CDC:s tidskrifter.

Screenshot Levy et al JAMA 2021. doi:10.1001/jama.2021.23262

2. Another study finds that adolescents who had been fully vaccinated had a 91% risk reduction of the COVID-19 complication MIS-C

  • The new test-negative case-control analysis by Zambrano et al. was based on the period July 1–December 9, 2021, and used data from 24 U.S. pediatric hospitals. 
They looked at adolescents age 12-18 who had been fully vaccinated (2 doses of the Pfizer-BioNTech vaccine).
  • 283 patients were included: 102 MIS-C case-patients and 181 controls, with a median age of 14.5. Of the total group, 58% had at least one underlying condition (including obesity, 39.2% in the MIS-C group and ~69% in the control group). ~5% of case-patients and ~36% of controls were fully vaccinated against COVID-19.
 Furthermore, of those with MIS-C who required life support, no individual was fully vaccinated.

  • They carried out several sensitivity analyses, with very similar results to the main finding, i.e. a circa 90% lower risk of MIS-C in vaccinated compared with unvaccinated individuals. These sensitivity analyses covered those who had COVID-19 symptoms but had tested negative for SARS-CoV-2 and only analysing those with positive serology (antibody evidence of a SARS-CoV-2 infection).
  • Note that here (as opposed to the JAMA study above), they could not infer the degree of protection from only one vaccine dose, and did not estimate it for the period covering 0-28 days from the 2nd dose (because it takes ~2 weeks to achieve vaccine protection, and MIS-C in general develops 2-6 weeks after a SARS-CoV-2 infection). There may also be bias in the data as it looked at those who sought medical care across U.S. hospitals, and they could not examine possible effect over time (i.e. possible waning).

  • These results are however very consistent with the prior study above in JAMA, from France. The screenshot below also shows the sensitivity analyses.
Zambrano MMWR 2022 DOI: 10.15585/mmwr.mm7102e1

3. Most (99.6%) children age 12-18 who were hospitalized for COVID-19 were unvaccinated or not fully vaccinated

In this CDC MMWR report by Wanga et al., data was obtained from six U.S. hospitals in areas with a high incidence of SARS-CoV-2 during the July-Aug 2021 period (e.g. in Florida and Texas). Among 915 hospitalized patients hospitalized with a) COVID-19, b) incidental SARS-CoV-2 infection, or c) MIS-C, below age 18, most (78%) were hospitalized for COVID-19 (2.7% had MIS-C).

Among the patients hospitalized for COVID-19, 32.5% had no underlying medical conditions (the most common underlying conditions were obesity (32%) and asthma (16%)). Obesity was however far more common in the hospitalized 12-17 age group (61.4%). Among patients hospitalized for COVID-19, 29.5% were admitted to the ICU, 1.1% received ECMO, and 1.5% (11) died.

There were 272 patients hospitalized for COVID-19 who were vaccine-eligible. Only one (0.4%) of these patients was fully vaccinated. Another 12 patients (4.4%) were partially vaccinated with an mRNA COVID-19 vaccine, when they were hospitalized, and a total of 196 were known to be unvaccinated.

However, already in September we had CDC data indicating that adolescents age 12-17 were highly protected from hospitalization (10-fold lower rate) if they were vaccinated compared with if they were unvaccinated. So very similar findings to the above, new data.

4. Follow-up data indicates a low risk of side effects and myocarditis after vaccination in the 5-11 year-old group

The U.S. started vaccinations for kids age 5-11 on Nov 2, 2021, after a recommendation by e.g. the U.S: ACIP (Advisory Committee on Immunization Practices). Kids in the 5-11 year age group in the U.S., and most other places, receive Pfizer’s mRNA vaccine, but at a lower dose of only 10 µg per dose (compared with 30 µg per dose for older individuals). Already on December 17, the CDC put out a report detailing a low risk of vaccine complications and equally low rate of vaccine-associated myocarditis.

For myocarditis, in the Dec 17 report, they noted 8-14 cases out of 7 141 428 (7.1 Million) administered Pfizer mRNA COVID-19 vaccine doses, which (preliminarily) would put the rate at ~1.1-1.26 cases/Million doses. Note: There was limited second dose data at that point (5.126 M 1st doses; 2.014 M 2nd doses; data shared from the CDC Vaccine Task Force. Twitter thread format here.

A follow-up to this data was published on Dec 30, 2021 – also from the CDC. There they detailed safety data based on over 8 million administered vaccine doses to the 5-11 year age group.  At the follow-up, there were a total of 11 verified cases that met the definition for myocarditis (of these 7 had recovered and 4 were still recovering). As a comparison for this data, Sweden has 620 355 children age 5-9 (I didn’t find specifics for the entire 5-11-year age range). This means that the above vaccination data covers Sweden’s entire corresponding cohort of children in this age range by several factors.

They also studied myocarditis incidence after vaccination using their VSD (Vaccine Safety Datalink) system, which links in “real-time” to health records for 12 million persons per year (of all ages). In VSD they did not note any myocarditis case among 226 000 dose 1 recipients, nor among 107 000 dose 2 recipients, in the relevant 0-7 & 0-21 day post vaccination windows.

Among VAERS reports (ie the subset of possible adverse effects) 97.6% were considered non-serious. There were 2 deaths that were still under review, but both had quite complicated medical history (e.g. hypoxic encephalopathy). Note that there are also initially some additional reports of myocarditis pending, but at the current number at 11, that equates to a rate ~1.26 cases per million administered doses, based on this data (more cases may still arise as it can e.g. take time to report, and more second doses will be administered).

The initial data indicated that myocarditis – similar to other age groups – was more common after the second dose (6 cases among 2.014M recipients). But even so, the rate of vaccine-associated myocarditis seems to be about 10 times lower lower than what has been reported for vaccine-associated myocarditis in the adolescent (12-17) to lower 20’s age groups (see this CDC presentation for a numbers comparison, as well as the screenshot below).

The December 17 report indicated that possible complications of the vaccines were also rare (n=81 reported cases out of 7.1 Million doses reported), and some may have had other causes (etiology) as can be inferred from their slide: e.g. an elevated CRP level (light inflammation, n=10). In the follow-up Dec 30 data, there were only 100 serious events among the 8.7 million vaccine recipients, the most common being fever (29 cases), vomiting (21 cases), and increased troponin (15 cases).

The v-safe data (digital active surveillance of vaccine recipients), among 42,504 1st dose and 39,899 2nd dose recipients of age 5-11, indicated that local and systemic reactions were less frequent among those aged 5-11, compared with those aged 12-17. Hospitalizations were very uncommon (0.02% among both 1st and 2nd dose recipients).

Note that VAERS is a voluntary passive reporting system and may therefore have biases and underreporting (which may be skewed to missing nonserious events, given that there’s a threshold to enter a report).

  • For comparison: >8300 children age 5-11 have been hospitalized with COVID-19 in the U.S. (in total close to 1,100 pediatric COVID-19 deaths have now occurred in the U.S., and at least 52 have died of MIS-C.
  • The COVID complication MIS-C is most common in this age group (median age 9): Its incidence is relatively high at 1 in 3200 SARS-CoV-2 infections – 1-2% of MIS-C patients die.

The screenshot below from the Jan 5, 2022, ACIP meeting, shows the vaccine-associated risk of myocarditis

Screenshot ACIP Jan 5 2022 slides-2022-01-05-02-COVID-Su-508

5. A new CDC study found that the risk of new-onset diabetes was increased in children (age 18 and younger) who contracted COVID-19

This new analysis by Barrett et al. was based on two cohorts (80,893 and 430,439 patients) with COVID-19, where the children had a mean age of 12.3-12.7. Of these patients, 0.7% and 0.9%, respectively, had been hospitalized due to COVID-19.


The diabetes risk was 166% and 31% higher (in the two different cohorts) in the COVID-19 groups compared with the non-COVID-19 groups. So the risk increase was quite different between the two groups, and a smaller risk increase was noted in the larger cohort.

Compared with the risk associated with prepandemic (2017-2018) acute respiratory illnesses (ARI), COVID-19 was associated with a 116% higher risk of new-onset diabetes (95%CI 1.64–2.86). This gives an indication of the relative risk increase compared with other respiratory infections that still circulate.


The data is consistent with some prior reports for children, such as the study by Unsworth et al. The authors of the new study write, “Preventing COVID-19 among children and teens is important to slow the spread and protect them from other possible effects of the disease“


Note that the new study was not able to differentiate between type 1 and 2 diabetes, and could not account for e.g. the possible presence of obesity (other data indicates that obesity can increase the risk of having a more severe course of COVID-19 even in children). As such, it is also possible that COVID-19 hastened the onset of e.g. type 2 diabetes, due to already existing insulin resistance. In this context, they lacked information on whether the children did in fact have prediabetes. Finally, it’s possible that the non-covid comparison group included patients who had actually also had previously had covid (if so, the risk from COVID-19 would be lower).


Med vänliga hälsningar

Jonathan Cedernaes

Leg. läkare, Ph.D. och Docent i medicinsk cellbiologi

Read more →

Att vaccinera de i åldern 5-11 mot COVID-19 – del 1

  • Först diskuteras en Science-artikel från 18:e november. Där lyfts att myokarditrisken bara är en av många aspekter att beakta för vaccinering av de i åldern 5-11.  Dvs. riskerna för COVID-19 anses sammantaget vara betydligt fler och högre. Därtill riskerar nu ett mycket stort antal barn att smittas av Omicron – utifrån hur väl den nu sprids. Avslutningsorden på Science-artikeln sammanfattar, “However, a choice not to get a vaccine is not a risk-free choice; rather, it’s a choice to take a different and more serious risk“.
  • Se även längre ner om den ev. (låga) risken för myokardit, samt några till utläggningar utifrån Omicrons kontext. Storbritannien är ett av de länder som utöver en rad EU-länder nu också valt att godkänna vaccinen för 5-11-åringar. Delvis tycks delvis göras pga. Omicron. Det stora problemet med Omicron blir ju delvis om alla i samhället riskerar smittas – då COVID-19 medför många risker – och att det riskerar ske på en kort tidsperiod där sjukvården överbelastas.

I Science-artikeln från 18:e november skriver Jeffrey S. Gerber och Paul A. Offit att vaccinet rekommenderades för 5-11-åringar i USA i November, dvs. för en grupp som omfattar 28 miljoner barn. De skriver om vad som kan innebära högst risk: Att smittas av SARS-CoV-2, eller att vaccineras.

De beskriver vidare att COVID-19 också är en sjukdom som drabbar barn – till en början utgjorde barn 3% av fallen (deras fall var sannolikt underdiagnosticerade) men idag står barn för kring 25% av fallen. Som anges nedan har därtill en betydande andel av de många tusentals barn som behövt sjukhusvård i Europa och USA inte haft några underliggande sjukdomar.

B. Risken för myokardit bland ungdomar (del 1, mer i nästa blogginlägg)

Myokardit är en risk som i flera studier har setts i lägre förekomst bland de i åldern 12-15 jämfört med 16-25, där incidensen är som högst. Och detta i sammanhanget där de i åldern 16-25 har vaccinerats sen december 2020 i bl.a. USA (Pfizers vaccin studerades före mitten av 2020 i alla 16 år och uppåt). Men myokardit är enbart en aspekt och även smitta med viruset i sig ökar risken för detta tillstånd. Därtill vaccineras barn i åldern 5-11 med en dos som enbart är en tredjedel av den som de i åldern 12 och uppåt får (dvs. 10 µg kontra 30 µg mRNA per dos).

I sin Science-artikel beskriver Gerber och Offit att myokardit utgör “endast” en aspekt i risk-nyttaanalysen: Barn behöver kunna gå i skolan, leka med vänner och ha ett socialt liv för att kunna utvecklas på ett optimalt sätt. Enbart i USA har över 2000 skolor behövt stänga pga. utbrott av COVID-19, något som har påverkat över 1 miljon studenter. Detta har i sig medfört försämrad mental hälsa och minskat fysisk aktivitet. I en studie fann man att över 80% med mental sjukdom hade upplevt försämring i deras tillstånd som följd av skolstängningar. Därtill tycks de mer socioekonomiskt utsatta lida mer av skolstängningar, enligt en annan undersökning i JAMA Network Open.

Till ovanstående kan tilläggas att risken för myokardit tycks högst för Modernas vaccin (100 µg), där barn i åldern 5-11 nu i stället får Pfizer på en så låg (men för dem effektiv) dos på 10 µg. En stor analys i Nature Medicine av 38 miljoner vaccinmottagare tyder på att risken för myokardit – detta är som sagt bara en risk av COVID-19 – av Modernas vaccin kan överstiga risken för SARS-CoV-2 för myokardit i åldern 16-40 år (men ej sammantaget). Samtidigt fann de att viruset annars i samtliga fall har flera gånger högre risk för myokardit (flera gånger högre än Pfizers vaccin även i gruppen 16-40). Viruset gav även en påtagligt förhöjd risk för sjukhuskrävande och dödlig perikardit, liksom en påtagligt ökad risk för hjärtarrytmier (som bara några exempel på virusets skadeverkningar), och dessa risker var knappt förhöjda med vaccinen.

Och tittar man då på det mest myokarditbenägna vaccinet, dvs. Modernas mRNA-baserade vaccin (som återigen då skulle ha 10 x mer mRNA än det vaccin som barn 5-11 skulle få), så tycks risken i flera analyser högst i åldersgruppen 18-24 år. Och de har vaccinerats med vaccinet sen december 2020, dvs. i över ett års tid. Här en analys på 150 miljoner mottagare av Modernas vaccin:

  • “The overall reporting rate among all vaccine recipients was 0.95 cases per 100,000 vaccine recipients, which was lower than the expected rate from the reference population (2.12 cases per 100,000 vaccine recipients; RR [95% CI]: 0.45 [0.42–0.48]). When stratified by sex and age, observed rates were highest for males aged ≤39 years, particularly those aged 18–24 years (7.40 cases per 100,000 vaccine recipients), which was higher than expected (RR [95% CI]: 3.49 [2.88–4.22]). For males and females aged <18 years, the rate ratio for myocarditis was 1.05 (95% CI, 0.52–2.13) and 0.21 (95% CI, 0.04–0.94), respectively. When considering only cases occurring within 7 days after vaccination, the observed rate was highest for males aged 18–24 years after dose 2 (4.9 cases per 100,000 doses administered).” 

Bland barn upp till åldern 17 bedöms risken som myokardit högre i åldern 12-17 än 5-11. Detta stöds även av preliminära vaccindata från gruppen 5-11 år. Men som ovan visar enligt många dataset högre i åldern 18-24 (ovanstående analys är som beskrivet mycket omfattande). Se även denna bild nedan:

Straus et al. medRxiv preprint, 2021 DOI: 10.1101/2021.11.11.21265536

Slutligen är alltså risken långt från obefintlig för barn vad gäller COVID-19. Nu är inte detta nedbrytet för åldersgrupperna, men upp till 2% (intervall 0.1-1.9%) av COVID-19-fallen bland barn ses i vissa dataset behöva sjukhuskrävande vård (beror ju på testindikation osv, vi vet att barn oftare är asymptomatiska).

Barn kan även bl.a. få långtidscovid, även om det är svårt att tolka och jämföra prevalenssiffrorna, och det tycks inte lika vanligt som hos vuxna (många av studierna på barn och ungdomar tycks ha begränsningar, men risken finnes ofta vara över noll). Men här tyder därtill – viktigt för sammanhanget – omfattande preliminär vaccindata (n>240 000) på att risken för långtidscovid minskas avsevärt, åtminstone för vuxna, för de som vaccinerats – även inom veckorna efter konstaterad COVID-19.

Sen om vi ska koppla till snabbt växande Omicron: En så snabbt växande variant kan ge många svårt sjuka barn (även om deras relativa risk är lägre ökar så klart risken att många drabbas samtidigt och ej kan få adekvat vård då om sjukvårdssystemet överbelastas). Barnen har enligt ovan utmärkt skydd från vaccinen, och är sannolikt bättre skyddade än vuxna mot Omicron om de vaccineras. I enlighet med detta så visar ny CDC-data att vaccinen har skyddat tonåringar väl från sjukhuskrävande COVID-19.

Sen tycks Omicron (preliminärt!) enligt vissa data dels eventuellt ge en något ökad risk att fler barn ska behöva sjukhusvård, troligen genom att öka det antal som smittas inom en kort tidsperiod. Det är ännu osäkert huruvida varianten slår hårdare mot barn, men hos vuxna tyder flera studier på att varianten kan ge något mildare sjukdom jämfört med Delta – men varianten kan sannolikt vara i nivå med svårighetsgraden för 2020 års ursprungsvariant (WA-1/2020).

Att omicron kan leda till fler sjukhusinläggningar bland barn stöds av lite mer sammanställd data, där de i t.ex. Sydafrika har sett 20% fler inläggningar jämfört med den 1 :a COVID-vågen. Det tycks hittills inte vara någon enorm skillnad och de flesta tycks få milda symptom, men – som ovan nämnt – är det viktigare i sammanhanget att Omicron tycks spridas så väl. Därmed kan riskerna eller det totala antalet multipliceras, avseende de som riskerar drabbas samtidigt. Man har även sett tecken på att fler barn i t.ex. USA behöver sjukhusvård under Omicrons uppsegling:

  • Under föregående vecka steg antalet sjukhusinläggningar för barn med 58% i USA, jämfört med 19% för övriga grupper. I USA är enbart 25% av barnen under 18 år vaccinerade, men ännu lägre andel (~15%) av de i åldern 5-11 år).

Och många av barnfallen som blir sjuka har inga underliggande sjukdomar:

Samtidigt är det i sammanhanget viktigt att påpeka att risken för barn att bli svårt sjuka är betydligt lägre än för vuxna (se t.ex. denna tråd). Men det betyder ändå inte att risken är noll.

Många bedömer dock att Omicron är den variant som gör att alla kommer att smittas förr eller senare, och då vet vi att vaccinet är betydligt säkrare än COVID-19. Detta tycks även gälla just för 5-11-åringar utifrån över 8 miljoner vaccinerade barn i USA i den åldersgruppen. Utifrån denna data har inga avvikande risker setts, och biverkningarna tycks om något vara mindre frekventa hos de i åldern 5-11 än de i åldern 12-17. Det gäller alltså även risken för myokardit, där man hittills enbart noterat 11 fall bland dessa 8.7 miljoner vaccinerade barn (myokardit uppstår som regel kort efter vaccinering, och man har alltså vaccinerat de i åldern 5-11 i USA sen början av november 2021).

COVID-19 medför i stället en lång rad risker (förutom förhöjd risk för myokardit), och risken för sjukhuskrävande vård på grund av COVID-19 översteg med flera gånger riskerna för myokardit bland de i den äldre åldersgruppen 12-17, något som CDC presenterade som underlag när de valde att vaccinera de i åldern 12-17 (se bilden nedan).

Utöver många EU-länder har Storbritannien också nyligen godkänt vaccinen för 5-11-åringar. En del i den risk-nytta-avvägningen som görs – som ändå är viktig för att samhällets sjukvård ska kunna fortsätta fungera för vuxna liksom för barn, är att minska den totala samhällsbördan av COVID-19, samt riskerna att varje individ smittar någon annan individ. 

Vaccinen skyddar även genom att:

  • Minska den absoluta nivån och tiden man utsöndrar höga virusnivåer (se studier här, här och här) även under Deltas dominans,
  • I första hand minska risken att man ens smittar (även under Delta)
  • Som jag tidigare har skrivit är risken att smitta högre från en symptomatisk kontra asymptomatisk person, även om smittorisken tekniskt sett är högst i den presymptomatiska fasen)
  • Utifrån dessa aspekter kan vaccinering av barn även med största sannolikhet minska riskerna att nya varianter breder ut sig ytterligare, samt motverka risken att nya varianter uppstår (se studier om detta här).

Med vänliga hälsningar

Jonathan Cedernaes

Leg. läkare, PhD och docent i molekylär cellbiologi

Screenshot from Gargano et al. MMWR 2021
Read more →

Preliminary observations & uncertainties regarding Omicron (variant B.1.1.529)

Note that many aspects regarding this variant are *very* preliminary, as is hopefully highlighted throughout the text.

1. The spread of omicron at this point

Omicron has already been detected in several places including in numerous spots in across Europe. Its further spread across Europe is therefore likely very hard to fully prevent, if it is a more transmissible variant than the Delta variant. Slowing its spread is a different aspect (more on that below).

Many argue that outright travel bans are just hurtful – like indicated above, a variant like this has already spread by the time it is detected (it likely originated/emerged around the start of October – so around 8 weeks ago).

If a country bans travel or trade with countries that reports a new variant, then it will de-incentivize countries from reporting new variants. Intense testing – and possibly [travel] quarantines – comprise a much more sensible approach, many argue. Here’s where more widespread use of face masks (high-grade filtration N95/FFP2-3 masks) and repeated or weekly rapid tests can help. Such rapid tests are excellent at detecting when someone is contagious.

South Africa did not have the first case of this variant, that was Botswana. But South Africa has done a tremendous job in analyzing data related to the emergence of this variant, and may soon deliver the first data – in vitro-based – on how the vaccine fares against it (in their recent briefing on Omicron, local scientists said they would also examine T cell responses).

Yet, South Africa has only fully vaccinated <24% of its population. Meaning this increases the risk that many people fall ill – especially if they get transmission of a highly transmissible variant. Data also indicates that low vaccination rate increases the risk of producing more new variants (see this preprint and this modeling data)

Researchers have from the start highlighted how unfair vaccine distribution is. So one important take home message from Omicron (even if it turns out not to be a serious variant that takes over Delta), should be that vaccine coverage has to increase rapidly on a global scale.

COVID-19 was just the other day detected in 61 (out of 600) passengers from South Africa to the Netherlands. It’s at this point uncertain how many who may have had the Omicron variant. If Omicron does spread as well as some think, then just in and around these few (now known/detected events), we should expect to also see many more cases (so this by itself will tell us how well Omicron may actually take over, and how well/poorly it may transmit). But while it does seem to keep spreading fast locally, we don’t yet know whether Omicron has higher transmisssibility per se. This was also highlighted in ECDC’s recent report, see quote below.

While there is some potentially reassuring data to indicate that at least some infected with the Omicron SARS-CoV-2 variant may primarily have mild symptoms, this may not tell the whole truth: if the cases one are observing are primarily in young individuals, this may bias the clinical presentation. Young individuals typically have milder COVID-19 symptoms, and are typically more often asymptomatic

Other data indicates it may impact young individuals with moderate to severe disease, but also that this is primarily occurring in unvaccinated individuals, or in partially vaccinated individuals. In this context, it’s important to note that Gauteng only has ~38% fully vaccinated individuals (see the photo below); they’ve primarily used the Pfizer, AstraZeneca and J&J vaccines.

South Africa vaccine statistics from https://sacoronavirus.co.za/latest-vaccine-statistics/

2. Potential impact of the Omicron variant on vaccine-mediated protection: many unknowns

Many researchers and epidemiologists think (of course they cannot know) that the vaccines will maintain either some or even high levels of protection (at least likely against severe disease – although with COVID-19, even mild disease is not to play around with, given the potential risk of long covid). That some level of protection should exist is more likely to be the case as many individuals (unfortunately not on a global scale) are able to get, or have already gotten, three vaccine doses.

This may be bit of a stretch, but that some protection should be maintained can potentially (note, not certain) be inferred from observations of how well the 3rd vaccine doses increase neutralization against other variants:

At first glance, the list of mutations in Omicron looks quite overwhelming, especially if you just “name drop” them:

  • A67V, Δ69-70, T95I, G142D, Δ143-145, Δ211, L212I, ins214EPE, G339D, S371L, S373P, S375F, K417N, N440K, G446S, S477N, T478K, E484A, Q493K, G496S, Q498R, N501Y, Y505H, T547K, D614G, H655Y, N679K, P681H, N764K, D796Y, N856K, Q954H, N969K, L981F) (see the following figure (from this Twitter thread) for a list of what the most important changes may be). Note that it has the mutation E484*A* – i.e. not E484K which the beta variant has/had, and which has been tied to some of the properties of the beta variant.
  • 15 of these Spike protein mutations are located in the receptor binding domain (RBD) – to which at least some of the vaccine-induced antibodies bind; a domain that the virus uses to attach to cells (via the ACE2 receptor).
Screenshot from tweet https://twitter.com/miamalan/status/1463846528578109444

This list is long (32 spike mutations), but for context, we’ve had variants with almost as many mutations (25-29 mutations), and they didn’t spread well – even though they may have avoided the vaccines to a greater extent (but this didn’t become relevant, because of their poor spread). Nevertheless, the number of mutations are definitely a cause for concern and rapid in-lab assessment of the variant, according to many researchers.

There could very well be a founder effect with Omicron (that makes it seem that it spreads better than it actually does). Essentially at this point, there are many parameters that we don’t know yet, although multiple researchers do point out that this is perhaps the most challenging variant that we have seen so far (meaning *potentially* very challenging for our vaccines to neutralize, but this is again, still quite unknown at this point).

In terms of its transmissibility (which some prefer to refer to as the virus’ fitness), there are also many unknowns:

  • While the rate of “takeover” has been very fast with Omicron (look at the larger, top figure below), it started from a point where community transmission was very low.
  • This means that it would appear to spread well, but really be due to its spread in an overall, fairly low number of local COVID-19 cases (a founder effect). In such a setting, even “only” a slightly more transmissible variant could appear to “take over” (e.g. after a local superspreading event). See the lower left figure below.
  • Its detection in multiple countries and places at this point, and some anecdotal cases, could potentially also indicate increased transmissibility. But it could also be the case that the variant has circulated for some time in these places (we will likely know more within a week or so, given that there are simple PCR-based methods for detecting this variant). The latter case, many argue, is another reason why outright travel bans do not serve a real purpose.
Prevalence graphs from https://twitter.com/jburnmurdoch/status/1463956686075580421?s=20

In their recent threat assessment brief for the Omicron variant, ECDC also highlighted these possibilities (including potential immune properties as a potential cause for increased spread):

  • “The rapid pace of replacement of the Delta variant by Omicron in South Africa raises concerns that this variant is significantly more transmissible than Delta, however the overall COVID-19 case numbers in South Africa are currently low which could increase the proportional effect of any superspreading events involving a specific variant.
  • In addition, the high observed growth rate could be due to immune escape. Further data are needed to be able to provide a reliable estimate of the transmissibility of the variant”

If vaccines do outright fail, we now have the technology and pipelines to update the vaccines within 100 days – because it’s still the same protein we would be targeting, just with some more changes

Moderna has already shown data one updated booster targeting a variant – the beta (B.1.351) variant – was safe and quite effective (at least in vitro; summary (Swedish summary)).

3. Omicron – another reason to get vaccinated, on a global scale

We don’t know how much, but variants like Omicron are, as also highlighted above, assessed as far likelier than any other prior variant to evade immune responses from prior COVID-19, or from vaccines.

  • In an in vitro-based study published in Nature, in the lab – under highly controlled conditions – they modified SARS-CoV-2 to generate a “polymutant” virus (a version that had 20 mutations that also occur naturally in SARS-CoV-2 variants across the globe; note that they used a pseudotypded virus, so not live SARS-CoV-2 virus, thus these results may not be totally applicable to real-life findings). 
  • What one of the researchers pointed out, is that Omicron has mutations in a lot of the regions of this modified SARS-CoV-2 in-lab version. This is noteworthy, as this modified in-lab virus version was able to evade neutralization by serum from all individuals who had *not* gotten vaccinated, but who had “only” recovered from COVID-19 (so-called convalescent individuals; i.e. they were using post-COVID-19 serum).
  • However, in individuals who after COVID-19 *also* got vaccinated (the “ITV” group in the figure below), they still observed some maintained neutralization (meaning they should be able to neutralize the virus if they encounter it, at least to some degree).
    • The COVID-19 with vaccine (ITV) group had a more sustained ability to neutralize this heavily mutated (in-lab) version of SARS-CoV-2 (this in-lab version was essentially tested to see how much a heavily mutated version of the virus would reduce our antibody-based immunity; once more an example of where science has been presciently helpful).
  • And now we also have data from Northwestern University to show that those who get 3 doses of vaccines (e.g. 3 doses of Pfizer or Moderna), have even better antibody-based immunity than those who had COVID-19 and then got vaccinated (previously, COVID-19 followed by vaccination – or vice versa – was repeatedly found to provide the greatest degree of protection). See panel C from the screenshot below (the individuals who got a booster are shown in the blue part of the graph)
  • Indeed, as indicated above, a 3rd dose of the vaccines boost antibody titers (as I’ve explained before) to complex variants, to a considerable degree (15–32x to the beta variant).
  • One observation – just a report, not statistical data – that we have regarding the protective role of vaccination against the variant Omicron, is that moderate-to-severe cases in South Africa (a region that seems to have a lot of Omicron transmission), seem to primarily occur in unvaccinated or (to a lesser degree) in partially vaccinated individual.

So in sum: There are now more than reasons than ever to get vaccinated. If Omicron does transmit more easily, then it could put unvaccinated individuals at even greater risk, especially in places (like the northern hemisphere), where winter conditions are certain to increase the likelihood of greater spread of SARS-CoV-2 (because of colder weather, lower humidity and less time spent outdoors vs. indoors).

Figure 1 from Figure 1 from https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2021.11.19.21266555v1.full

4. Hur man detekterar Omicron

Slutligen (här blir det svenska) kan man detektera B.1.1.529 (omicron) med TaqPath Assay:

  • Liksom Alpha-varianten (B.1.1.7) så ger Omicron S gene target failure (SGTF), dvs. pga. en deletion i Spike-proteinet, som gör att man får negativ signal för en av proberna. Denna deletion hade även Alpha-varianten (B.1.1.7) av SARS-CoV-2-viruset.
  • I sin rapport beskriver ECDC att bland 77 selekterade SGTF-prover som sekvenserades (från Gauteng i Sydafrika), så var alla Omicron (dvs. belyser att den PCR-baserade metoden tycks finna samtliga fall av denna variant; eftersom Alpha inte längre sprids).

5. ECDC:s bedömning

Oavsett vad jag skrivit ovan finns det redan en helt färsk riskbedömning från ECDC, där de bedömer risken med denna variant B.1.1.529 / Omicron som hög till mycket hög (high to very high).

  • De påpekar bland annat osäkerheten gällande vaccinens verkan, liksom avseende risken för reinfektioner.
  • De bedömer att risken för spridning i en delta-rik miljö är hög
  • Därtill bedömer de att inverkan av omicron [på samhällsnivå] skulle kunna vara mycket hög, om den sprids när delta är på uppgång (t.ex. pga. säsongsberoende faktorer eller lättade samhällsåtgärder, som sammantaget påskyndar samhällsspridningen).

Finally, once more, please note that everything regarding this variant is still very preliminary. Many of the observations above may be old news or outdated within a few days to weeks from now.

Med vänliga hälsningar,
Jonathan Cedernaes
Leg. läkare, PhD och senior forskare

Read more →